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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】做过大引物全质粒PCR的进来看
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wgl365

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】做过大引物全质粒PCR的进来看

最近在做大引物全质粒PCR以构建随机突变文库，参考的文献是Creating Random Mutagenesis Libraries by Megaprimer PCR of Whole Plasmid (MEGAWHOP)
作者：Kentaro Miyazaki。文章出自Directed Evolution Library Creation：methods and protocols  （Methods in Molecular Biology, 2003, Volume 231, I, 23-28, DOI: 10.1385/1-59259-395-X:23 ） ，此外还有一篇文章Creating random mutagenesis libraries using megaprimer PCR of whole plasmid，作者：Miyazaki K, Takenouchi ，文章出自.Biotechniques. 2002 Nov;33(5):1033-4, 1036-8.

这里我是用易错PCR的产物做大引物，易错PCR回收电泳图如1所示，用的是2000的marker，易错PCR产物在1000bp左右，这个没什么问题，可是在大引物PCr结果如图2所示，我的目标质粒是7K，两边为marker，一个5000，一个10000，中间两个是结果，求解，为什么加样孔处一片亮而没有我的目的带，照道理即便条件没有优化至少也该有目的为7K的带吧。凝胶凝固后放的时间有点长了，跑的结果不好。
我大引物PCr用的是Takara的PrimeSTAR HS DNA Polymerase,浓度：2.5U/uL，pcr的反应体系总计50uL：其中大引物约0.5ug，模版DNA50ng，0.2mM的dNTP，PrimeSTAR HS DNA Polymerase用0.5ul，也就是1.25U，我的目标质粒是7K，PCR反应程序：98 ℃，1min——98℃，10s——55℃，5s——72℃，7min——72℃，7min——4℃保存（基本按酶的使用说明书进行）。反应共20个循环，求高人解答为什么会变成这个样子。
图1-易错PCR产物回收

图2-大引物PCR结果


[ Last edited by wgl365 on 2010-8-31 at 20:44 ]
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思想是行动的种子！
1楼 2010-08-31 20:38:18
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wgl365

银虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by tete1987 at 2014-01-03 10:36:21
江南大学~你呢？

哦 华中科技大学
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思想是行动的种子！
19楼2014-01-04 11:21:24
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xiangshengyan

木虫 (正式写手)
wgl365(金币+1):感谢顶帖 2010-08-31 21:04:23
我觉得没跑开 你的PCR还是成功的 7K很大了 不知道你的胶的浓度时多少
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ANNA&KEVIN
3楼2010-08-31 20:52:55
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wgl365

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xiangshengyan at 2010-08-31 20:52:55:
我觉得没跑开 你的PCR还是成功的 7K很大了 不知道你的胶的浓度时多少

1%的琼脂糖凝胶，不是7k太大的原因，10000的marker都能跑开，平时我们跑毕赤酵母的pPIC9k也是这个浓度，都能跑开
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思想是行动的种子！
4楼2010-08-31 21:03:56
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墨香若水

木虫 (著名写手)

小小囧虫
wgl365(金币+5):呵呵，试试 2010-10-05 19:40:08
又是你啊。不知你实验怎么样，刚看到你的求助。
我的建议：
1.不要用primerstar,用Pfu.
2酶量50微升体系要加1u的酶，因为P的时间比较长。
3程序按照文献的程序
GOOD LUCK
别忘给我金币
赞一下 回复此楼
仕不可不弘毅，任重而道远
5楼2010-10-04 21:43:10
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