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yanruoke

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】关于微阵列实验 已有6人参与

有人讲mircor-arry 测不出单个基因的表达量,这句话怎么理解?每个探针返回的值不是 每个基因的表达量吗?
偶是菜鸟,请指教
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看天

木虫 (知名作家)


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2楼2010-08-23 12:55:02
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lwiaanngg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
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看天(金币+2):你的意思就是定性不定量? 2010-08-23 18:40:46
这样说吧,Microarray 在测基因表达量的时候,更多地是测量相对量(RQ)而不是绝对值。
使用microarray,更多是关心经过处理后,基因表达量相对于原来的量的变化。
绝对值不是不能测,而是比较复杂而且数据的可信度不是很高
3楼2010-08-23 13:05:47
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yanruoke

银虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by lwiaanngg at 2010-08-23 13:05:47:
这样说吧,Microarray 在测基因表达量的时候,更多地是测量相对量(RQ)而不是绝对值。
使用microarray,更多是关心经过处理后,基因表达量相对于原来的量的变化。
绝对值不是不能测,而是比较复杂而且数据的可 ...

我的疑问还在于,假如原始实验数据是数组,或矩阵的形式,那么每个element的值是不是一个基因的相对或绝对表达量,还是数个element的值对应一个基因的表达量,还有,是一个探针还是数个探针对应一个基因的表达量?
先谢过楼上了
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4楼2010-08-24 11:15:19
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lwiaanngg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
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silicare(金币+1):谢谢专家 2010-08-25 08:48:36
引用回帖:
Originally posted by yanruoke at 2010-08-24 11:15:19:

我的疑问还在于,假如原始实验数据是数组,或矩阵的形式,那么每个element的值是不是一个基因的相对或绝对表达量,还是数个element的值对应一个基因的表达量,还有,是一个探针还是数个探针对应一个基因的表达量 ...

具体到你所说的数据,每个人的表达思路不一样,你需要看paper上给出的到底是相对量还是绝对量。相对量应该较多些,个人不太相信绝对值。
多少探针对应表达量,要看你的实验设计。
Microarray 还是比较贵的,实验前最好做充分的准备了
5楼2010-08-24 13:26:54
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sqhnsd

金虫 (正式写手)

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silicare(金币+2):继续~ 2010-08-25 08:39:46
引用回帖:
Originally posted by yanruoke at 2010-08-23 10:36:25:
有人讲mircor-arry 测不出单个基因的表达量,这句话怎么理解?每个探针返回的值不是 每个基因的表达量吗?
偶是菜鸟,请指教

这个意思很明确,所谓单个基因表达量,就是这个基因的mRNA有多少个copy。芯片数据只能相对比较表达程度的高低,但是确切的copy number是不知道的。比如,一张芯片杂交sample A, another chip for sample B. 该基因芯片中包括100个基因,你的实验只能表明,这100基因中,gen1的表达量在A中高还是B中高,但是表达量有多大,你是不知道的。测序可以解决这个问题,因为他可以计算copy number.
6楼2010-08-24 15:17:25
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wallace974

木虫 (小有名气)


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引用回帖:
Originally posted by sqhnsd at 2010-08-24 15:17:25:

这个意思很明确,所谓单个基因表达量,就是这个基因的mRNA有多少个copy。芯片数据只能相对比较表达程度的高低,但是确切的copy number是不知道的。比如,一张芯片杂交sample A, another chip for sample B. 该基 ...

完全正确,相对与绝对,实时荧光定量PCR才能进行绝对定量
万物一理,万法自然
7楼2010-08-24 15:31:15
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sqhnsd

金虫 (正式写手)


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引用回帖:
Originally posted by wallace974 at 2010-08-24 15:31:15:


完全正确,相对与绝对,实时荧光定量PCR才能进行绝对定量

呵呵,应该是,Real time PCR只能少量基因定量,我说的测序是转录组测序(高通量的对基因表达谱进行定量化的分析),可能让你有点误解了。
8楼2010-08-24 15:55:46
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wallace974

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
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silicare(金币+3):新手,高手 2010-08-25 08:46:34
引用回帖:
Originally posted by sqhnsd at 2010-08-24 15:55:46:

呵呵,应该是,Real time PCR只能少量基因定量,我说的测序是转录组测序(高通量的对基因表达谱进行定量化的分析),可能让你有点误解了。

如果转录组测序的话,只有二代测序技术(454和solid)能胜任了,总之绝对定量的话要涉及PCR反应了
万物一理,万法自然
9楼2010-08-24 16:05:50
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dayong3492

木虫 (正式写手)

微阵列芯片?
谁再简要介绍一下微流控芯片~~~
10楼2010-08-24 16:20:21
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