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【分享】态密度处理程序
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之前发过一个简单版本的态密度处理程序，这次更新一下。 split_dos.ksh是根据JMS NRL的脚本改的，其它程序是我自己写的。 用法：只能在linux系统下，键入各个程序名称运行就可以，如果遇到平台问题，sumdos程序无法执行，可以用 gcc -lm sum.c 编译源文件产生可执行程序。 运行split_dos.ksh会读取DOSCAR，并生成总的态密度DOS0和各个原子的各轨道态密度DOS1~DOSn。（这里注意在计算DOS时INCAR文件里的NEDOS不要设置为>9999，五位数的NEDOS值会造成错误） 然后运行sumdos可以产生按照特定原子特定轨道模式生成的态密度和（注意：适用于ISPIN=2的计算结果，即DOSCAR里面共有有20列数据）。 例： sumdos name -t 1 2 3 sumdos是程序名称，name是一个自定义字符串，会加在生成的文件名里，可以作为说明（但是长度只有8个字符），-t表示生成各个轨道的态密度和，（还有两种模式: -n 表示不加和各轨道态密度，仍旧生成从s到d各个轨道的态密度； -d 表示把p轨道，eg轨道，t2g轨道各自加和。！！仍然注意，和上次一样，这里的eg指的是第14、15和18、19列数据，t2g是剩下的3列数据，如果有各个d轨道不是按照这样排列的情形则生成的就不是eg和t2g），后面的数字表示要加和的原子标号。上面的例子就是把第1、2、3号原子的所有轨道的态密度全部加起来。程序支持采用 n~m 形式表示要处理的第n到m个标号连续的原子，例如要处理13到26号原子时，不需要一个一个写出原子标号，只需要写 13~26 就可以。 附送一个将CONTCAR文件转换为可导入Materials Studio的cif文件的程序，使用很简单，只需要在linux下，vasp任务的计算文件夹下，运行exe_Ctocif，程序会自动寻找CONTCAR和POTCAR，并生成cif文件。另外也支持在只有POSCAR文件时转换为cif，但这时需要手动输入元素名称。（！！注意：如果是vasp5版本的CONTCAR，请先删除其中的元素符号那一行。） 例如： exe_Ctocif exe_Ctocif POSCAR Si O 这两种方式都可以，前一种自动从赝势里找元素名称，后一种手动输入元素名。 http://ishare.iask.sina.com.cn/f/9316742.html [ Last edited by nkleof on 2010-8-16 at 11:10 ] |
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4楼2010-08-16 11:15:26
5楼2010-08-16 12:02:14
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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支持分享和原创。 split_dos源代码中的逻辑关系理清楚没？form=0/1， 及 # Total is first DOS if [ $form -eq 0 ]; then i=0 else i=0 fi 这个没理解为什么要这样写。 还有后面的 while [ $i -le 0 ]; do #echo $i $start $end if [ $i -gt 0 ]; then sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i fi if [ $i -gt 0 ]; then 这个循环从i<=0开始，但是上面无论怎样，看起来i的初值是0呢。为什么这样做循环呢？奇怪，好像可以大量简化，即删掉while [ $i -le 0 ]这段循环。 你说呢？ |
6楼2010-08-16 14:38:36
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