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miaoskypop

铜虫 (小有名气)

[交流] 【分享】使用cubegen程序做分子的total electronic densities 已有6人参与

1.将你计算结果的chk文件转换成fchk文件
2.在linux和windows下运行cubegen
3.执行cubegen  0  density=scf  file.fchk  file.cube
4. SCF密度和总电子密度在进行HF计算和DFT计算时是一样的
5.使用gaussianview打开file.cube文件得到分子的总电子密度图
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lb1586551

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
heyo_123(金币+1):已经很具体了,这个操作不难吧!!! 2010-08-13 14:34:57
最好具体点,给点例子
2楼2010-08-13 13:27:26
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kingwater

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
已经写得非常详细了啊
3楼2010-08-13 16:45:31
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ZJboy

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by miaoskypop at 2010-08-13 11:31:03:
1.将你计算结果的chk文件转换成fchk文件
2.在linux和windows下运行cubegen
3.执行cubegen  0  density=scf  file.fchk  file.cube
4. SCF密度和总电子密度在进行HF计算和DFT计算时是一样的
5.使用gaussianvie ...

出来的等值面图是紫色的,正常吗?
4楼2011-03-04 23:01:57
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zhou2009

版主 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
electronic densities 的值都只是正值,等值面图是紫色的就是表达都是正值,是正常的。
5楼2011-03-05 07:28:43
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luolun2008

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-03-05 07:28:43:
electronic densities 的值都只是正值,等值面图是紫色的就是表达都是正值,是正常的。

请问您一下,用中性的电子密度减去阳离子的电子密度,得到的蓝色和紫色的又表示什么呢?谁是正,谁是负?
尘埃落定之前,一切皆有可能!!!
6楼2011-10-30 15:30:01
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zhou2009

版主 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by luolun2008 at 2011-10-30 15:30:01:
请问您一下,用中性的电子密度减去阳离子的电子密度,得到的蓝色和紫色的又表示什么呢?谁是正,谁是负?

用中性的电子密度减去阳离子的电子密度,得到的是密度差,它表明,中性的变为阳离子,什么部位电荷减少(蓝色)了,什么部位电荷增加(紫色)了。蓝色和紫色仅表示电子密度发生的变化,不代表通常意义上的正负电荷。
7楼2011-10-30 16:30:56
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luolun2008

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-10-30 16:30:56:
用中性的电子密度减去阳离子的电子密度,得到的是密度差,它表明,中性的变为阳离子,什么部位电荷减少(蓝色)了,什么部位电荷增加(紫色)了。蓝色和紫色仅表示电子密度发生的变化,不代表通常意义上的正负电 ...

谢谢您,您讲的很明白,很受用。
尘埃落定之前,一切皆有可能!!!
8楼2011-10-31 09:04:04
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54snail

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
问一下,windows 下怎么操作的
9楼2015-01-24 15:57:56
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