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日不落

金虫 (著名写手)

[交流] 【请教】请教缺省值问题

在解晶体结构时,给重原子加氢,如N,C上理论加氢,在cif文件中,发现H的坐标都没有误差值,如:
N1 N -0.1359(4) 0.4694(2) 0.43137(18) 0.0618(8) Uani 1 1 d . . .
H1A H -0.2082 0.4221 0.4555 0.074 Uiso 1 1 calc R . .
H1B H -0.1923 0.5267 0.4143 0.074 Uiso 1 1 calc R . .
而手动给水上的O加氢,在cif文件中H的坐标有误差值的,请问这是怎么回事?望指点该怎么办,谢谢!
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

日不落(金币+2):我这个晶体是有机配体,但是另外的一个有机金属配合物理论加氢时,又有误差呀。而且这个解完后用checkcif检测时,出现错误,望继续交流,谢谢 2010-08-11 07:14:11
帝夫:感谢回帖交流! 2010-08-11 09:37:46
我觉得理论加氢是由软件计算得到的结果,是理想的位置,所以没有误差,而你手动加上的氢并不是理想的位置,或者说不是有计算得到的,应该是有误差的~
学无止境
2楼2010-08-10 22:26:00
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

帝夫:感谢回帖交流! 2010-08-11 09:38:31
你是不是用damp命令了?
学无止境
3楼2010-08-11 09:27:38
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主

引用回帖:
Originally posted by cluster8676 at 2010-08-11 09:27:38:
你是不是用damp命令了?

有这个命令吗?呵呵,望指教~~
万俗皆走圆,一生尤学方!
4楼2010-08-11 09:39:07
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-08-11 15:23:05
帝夫(金币+1):感谢回帖交流! 2010-08-11 23:29:11
引用回帖:
Originally posted by 帝夫 at 2010-08-11 09:39:07:

有这个命令吗?呵呵,望指教~~

当然有了,呵呵,就是一般误差太大的时候才用的,你的这个问题我也不知道怎么回事,你可以试试重新加一下~
学无止境
5楼2010-08-11 11:02:54
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日不落

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by cluster8676 at 2010-08-11 09:27:38:
你是不是用damp命令了?

这个命令是什么意思呀?
没有见过,也没有用过
6楼2010-08-11 11:11:30
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日不落

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by cluster8676 at 2010-08-11 11:02:54:

当然有了,呵呵,就是一般误差太大的时候才用的,你的这个问题我也不知道怎么回事,你可以试试重新加一下~

如果试试这个damp命令怎么操作呢?谢谢赐教
7楼2010-08-11 11:16:22
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

日不落(金币+5):谢谢 2010-08-12 08:52:04
引用回帖:
Originally posted by 日不落 at 2010-08-11 11:16:22:

如果试试这个damp命令怎么操作呢?谢谢赐教

就是在INS文件里面加入DAMP 后面加一个数,一般是300~2000吧,这个数越大你的误差越小,但好像主要用于键长的,我也不是很了解~
学无止境
8楼2010-08-11 23:27:18
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

=一只小小啄木鸟=

优秀版主优秀版主

日不落(金币+3):谢谢斑竹关注 2010-08-12 08:52:27
引用回帖:
Originally posted by cluster8676 at 2010-08-11 11:02:54:

当然有了,呵呵,就是一般误差太大的时候才用的,你的这个问题我也不知道怎么回事,你可以试试重新加一下~

谢谢解答!受用了!
万俗皆走圆,一生尤学方!
9楼2010-08-11 23:29:34
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