24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jecky

金虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 776.8
帖子: 102
在线: 84.6小时
虫号: 131112
注册: 2005-12-12
性别: GG
专业: 配位化学

[交流] 【求助】pi-pi作用如何写入cif 已有5人参与

编辑给了如下修改意见，请问大虾们我该怎么做啊? 我知道编辑的意思，只是and前的那部分不知具体怎么办？
The 3 weak Cg-Cg intermolecular interactions need to be listed in a separate table and referred to in the discussion in the comment section.

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

晶体

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

π-π 堆积作用怎么确定？已经有5人回复
(NH4)3TiF7的CIF求助已经有5人回复
求助In2O3 cif文件（ICSD SG167）已经有9人回复
求助：p2-type NaxMO2 (P63/mmc)的cif 已经有5人回复
有关pi-pi作用已经有5人回复
求助Platon使用_急已经有5人回复
autodock什么时候存在pi-pi interations？已经有9人回复
有木有人用getcif.pl这个脚本把POSCAR转换为cif文件的已经有4人回复
如何将symmetry code最终添加到cif中已经有4人回复
求助cif文件 2个已经有13人回复
如何用Gaussian算或者显示p-pi共轭作用已经有12人回复
请高手用Platon算下我的这个单晶的C-H pi 作用是否存在？已经有3人回复
求助格式保存.cif格式已经有3人回复
【求助】作者单位在CIF中如何表示已经有4人回复
【请教】platon怎么保存ortep格式已经有3人回复
【交流】Platon 有多少功能已经有6人回复
【求助】Platon算出Pi-Pi堆积作用写入cif的格式已经有5人回复

1楼 2010-08-08 17:23:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

stevenabing

至尊木虫 (正式写手)

应助: 11 (小学生)
金币: 9913.7
散金: 1
红花: 8
帖子: 638
在线: 603.9小时
虫号: 63367
注册: 2005-04-09
专业: 天然药物化学

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
帝夫(金币+1):感谢回帖交流！ 2010-08-11 04:26:46

不用那玩意，你用PLATON计算后就有pai-pai堆积的相关数据，然后在CIF文件中直接加入这个额外的模块即行，具体似乎在他们的网站上有的

Extra tables in CIF
•hydrogen-bonding tables
•extra tables
•contacts tables
Hydrogen-bonding tables
The following data names should be used.

loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_D
_geom_hbond_site_symmetry_H
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag.

Extra tables
The following data names should be used.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_extra_tableA_col_1'
'_geom_extra_tableA_col_2'
'_geom_extra_tableA_col_3'
'_geom_extra_tableA_col_4'
'_geom_extra_tableA_col_5'
'_geom_extra_tableA_col_6'
'_geom_extra_tableA_col_7'
'_geom_extra_tableA_col_8'
'_geom_extra_tableA_col_9'
'_geom_extra_tableA_col_10'
'_geom_extra_tableA_col_11'
'_geom_extra_tableA_col_12'
'_geom_extra_tableA_col_13'
'_geom_extra_tableA_col_14' # up to 14 columns
'_geom_extra_table_head_A' # for table heading
'_geom_table_headnote_A'    # for table headnote if needed
'_geom_table_footnote_A'    # for table fn if needed

# and for a second extra table in the same datablock:

'_geom_extra_tableB_col_1'
'_geom_extra_tableB_col_2'
'_geom_extra_tableB_col_3'
'_geom_extra_tableB_col_4'
'_geom_extra_tableB_col_5'
'_geom_extra_tableB_col_6'
'_geom_extra_tableB_col_7'
'_geom_extra_tableB_col_8'
'_geom_extra_tableB_col_9'
'_geom_extra_tableB_col_10' # up to ten columns
'_geom_extra_table_head_B' # for table heading
'_geom_table_headnote_B'    # for table headnote if needed
'_geom_table_footnote_B'    # for table fn if needed

For example, adding the following lines to the CIF generates an exta table (Table 1), which is shown below as it would appear in the html version of the published paper.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_extra_tableA_col_1'
'_geom_extra_tableA_col_2'
'_geom_extra_tableA_col_3'
'_geom_extra_table_head_A'
'_geom_table_footnote_A'

loop_
_geom_extra_tableA_col_1
_geom_extra_tableA_col_2
_geom_extra_tableA_col_3
L                'Pd---P' 'Pd---Br'
'PTA^a^'          2.320(1) 2.427(1)
'PPh~2~(o-Cl-Ph)^b^' 2.350(2) 2.423(1)
'DDEP^c^'          2.325(3) 2.412(1)
'DPA^d^'          2.322(2) 2.447(1)
'ppq^e^'          2.318(1) 2.435(1)
'DMPP^f^'          2.319(2) 2.433(1)
?                2.313(2) 2.435(1)
'PPh~3~^g^'       2.34(4)  2.42(4)
'P(o-Tol)~3~^h^'    2.370(1) 2.445(2)

_geom_extra_table_head_A
;
Comparative geometrical parameters (\%A) for selected
trans-[PdBr~2~(L)~2~] (L = tertiary phosphine ligand) complexes
;

_geom_table_footnote_A
;
Notes: (a) this work;
(b) Coalter et al. (2000);
(c) Ganguly et al. (1992) [DDEP is 2-(diphenylphosphino)ethanephosphonate];
(d) Podlahova et al. (1979) (DPA is diphenylphosphinoacetic acid);
(e) Sembiring et al. (1995) (ppq is p-quinonyldiphenylphosphine);
(f) Wilson et al. (1996) (DMPP is 1-phenyl-3,4-dimethylphosphole);
(g) Stark et al. (1997);
(h) Vicente et al. (1997).
;

Table 1
Comparative geometrical parameters (Å

for selected trans-[PdBr2(L)2] (L = tertiary phosphine ligand) complexes

L  Pd-P  Pd-Br
PTAa  2.320 (1)  2.427 (1)
PPh2(o-Cl-Ph)b  2.350 (2)  2.423 (1)
DDEPc  2.325 (3)  2.412 (1)
DPAd  2.322 (2)  2.447 (1)
ppqe  2.318 (1)  2.435 (1)
DMPPf  2.319 (2)  2.433 (1)
2.313 (2)  2.435 (1)
PPh3g  2.34 (4)  2.42 (4)
P(o-Tol)3h  2.370 (1)  2.445 (2)
Notes: (a) this work; (b) Coalter et al. (2000); (c) Ganguly et al. (1992) [DDEP is 2-(diphenylphosphino)ethanephosphonate]; (d) Podlahova et al. (1979) (DPA is diphenylphosphinoacetic acid); (e) Sembiring et al. (1995) (ppq is p-quinonyldiphenylphosphine); (f) Wilson et al. (1996) (DMPP is 1-phenyl-3,4-dimethylphosphole); (g) Stark & Whitmore (1997); (h) Vicente et al. (1997).

Contacts tables
The following data names should be used.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_contact_atom_site_label_1'
'_geom_contact_atom_site_label_2'
'_geom_contact_distance'
'_geom_contact_site_symmetry_1'
'_geom_contact_site_symmetry_2'
'_geom_contact_publ_flag'

loop_
_geom_contact_atom_site_label_1
_geom_contact_atom_site_label_2
_geom_contact_distance
_geom_contact_site_symmetry_1
_geom_contact_site_symmetry_2
_geom_contact_publ_flag

赞一下(2人)

回复此楼

8楼2010-08-09 17:47:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

stevenabing

至尊木虫 (正式写手)

应助: 11 (小学生)
金币: 9913.7
散金: 1
红花: 8
帖子: 638
在线: 603.9小时
虫号: 63367
注册: 2005-04-09
专业: 天然药物化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by jecky at 2010-08-09 08:07:26:
我在在INS中加入如下命令后xl没有效果
htab Cg1 Cg9_$5
htab Cg2 Cg7_$5
htab Cg5 Cg6_$5
htab Cg6 Cg7_$5
EQIV $5 x, y, z

像你这个的话，我的理解，必须先存在Cg1-6这六个原子，才能这样写，但是你的原子序列里面没有，所以不能这样写。
即使你的原子序列有了这几个的坐标，但是你的EQIV $5 x, y, z 这就是错误的，所有的点群里面第一个对称就是 x, y, z ，你这个定义本身就是错误的。

[ Last edited by stevenabing on 2010-8-9 at 17:52 ]

赞一下(1人)

回复此楼

9楼2010-08-09 17:51:22

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 jecky 的主题更新

返回列表