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【转帖】一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
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原作者是分子模拟论坛的元老级会员sobereva。谨在此表示由衷的感谢。 一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具 这是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，这类网站是很有意义的。下列网址于2009年7月8日验证皆可用，若无法访问可尝试代 理。前面有√的代表比较重要。很多在线工具需要java运行环境。如果有其它好的免费的化学相关的在线的库或工具欢迎回帖补充，我也会在日后逐渐补充。 1 在线信息数据库部分 √ SDBS光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi 简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以 商业化学试剂为主，约2/3是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、 元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。 生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit CRYSTAL程序基组数据库：http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html √ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：http://cccbdb.nist.gov 简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。 √ 量化频率计算校正因子：http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp 简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。 IUPAC金属络合物稳定常数数据库：http://www.acadsoft.co.uk 注：需要付费，可免费下载试用版。 √ NIST化学数据库：http://webbook.nist.gov/chemistry 简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。 RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php 简介：分子的RESP电荷的数据库 Uppsala Electron Density Server：http://eds.bmc.uu.se/eds 简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。 √ 上海有机所化学专业数据库：http://202.127.145.134/scdb/default.htm 简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。 √ EMSL基组数据库：https://bse.pnl.gov/bse/portal Clarkson大学相对论有效势数据库：http://people.clarkson.edu/~pac/reps.html 含重原子全电子STO基组数据库：http://www.scm.com/Downloads/zorabasis/Welcome.html 原子间势参数数据库：http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials Stuttgart赝势参数数据库：http://www.theochem.uni-stuttgar ... ls/clickpse.en.html ChemBioFinder：http://chembiofinder.cambridgeso ... r/SimpleSearch.aspx 简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。 Sigma-Aldrich公司产品数据库：http://www.sigmaaldrich.com/Area ... /United_States.html 简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。 基本物理常数数据库：http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html 简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree->eV 百奥知识数据库：http://tong.bioknow.cn/html/sites/database/index.htm 简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。 ===================== 2 结构数据库部分 GLYCAM寡糖数据库：http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp √ ICSD无机晶体数据库：http://icsd.ill.fr/icsd/index.php 简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。 √ NDB核酸数据库：http://ndbserver.rutgers.edu 简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。 PDBbind-CN：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp 简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。 PDB Wiki：http://pdbwiki.org/index.php/Main_Page 简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。 sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB 简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。 √ RCSB PDB数据库：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do HPDB蛋白质数据库：http://hpdb.hbu.edu.cn 简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。 √ ZINC化合物虚拟筛选数据库：http://zinc.docking.org/index.shtml 简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。 √ PubChem：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov 简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、 XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和 InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。 SuperNature天然产物数据库：http://bioinformatics.charite.de/supernatural 简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。 蛋白质pKa数据库(PPD)：http://www.jenner.ac.uk/PPD 蛋白质分类数据库(CATH)：http://www.cathdb.info 简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。 蛋白质结构分类数据库(SCOP)：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。 结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi- ... i2u1RffMj+-lib+FSSP 简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。 ========================= 3 在线工具部分 √ Dali server：http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server 简介：输入PDB ID或者上传PDB，服务器会对此结构与PDB数据库中的结构用dali算法计算，将其中有一定结构相似度的PDB列出。通过复选框选择几个结构，可以对比序列，以及在线观看它们重叠后的3D结构。Dali Database(http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新两次，如果是在更新日期以前发布的pdb，可以直接在Dali Database里面查询之前已算好的结果，而不必在Dali server里面重新计算。 在线生成金刚石结构（包括同晶体结构的硅、锗）：http://turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html 在线生成石墨结构：http://turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html 在线生成碳纳米管结构：http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html ADIT蛋白质检查工具：http://deposit.rcsb.org/adit 简介：可以自行上传pdb文件，通过Validate操作，自动通过PROCHECK程序绘制出各种图表用以检查蛋白质。包括ramachandran 图，chi1-chi2图，主链/侧链信息图（解析度标准偏差、不合理接触等）、二级结构图、扭转角分布、键长距离分布、侧链上平面结构偏差分布、主链键 长键角扭曲情况。 webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)：http://pipsa.eml.org/pipsa 简介：上传pdb/pqr或输入pdb ID，自动调用APBS/UHBD计算它们的静电势，根据一定规则绘制成距离矩阵，并做簇分析。可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性。可以下载到运行 期间的中间文件，包括转化后的pqr和计算得到的grid格点文件，可被vmd等软件读取。 CASTp：http://sts-fw.bioengr.uic.edu/castp/calculation.php 简介：找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它们的容积和表面积，有助于研究潜在的配体结合位点。 SFoldRate预测蛋白质折叠速率：http://gila.bioengr.uic.edu/lab/tools/foldingrate/fr0.html ALOGPS：http://www.vcclab.org/lab/alogps 简介：在线上传分子结构，计算LogP、水溶性、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子结构格式十分多。 CORINA：http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html 简介：通过SMILE字符串得到分子的结构文件 一些有用的晶体学工具：http://www.cryst.ehu.es GETAREA：http://curie.utmb.edu/getarea.html 简介：计算分子SASA和溶解能，服务器不太稳健 DockingServer：http://www.dockingserver.com/web/? 简介：在线分子对接，须注册，对免费用户功能有限制 GLYCAM在线构建糖、糖蛋白结构：http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/biombuilder/biomb_index.jsp MolEdit：http://159.149.163.21/moledit.htm 简介：在线绘制2D结构，自动转化为三维坐标文件，支持格式很多。 √ E-Babel：http://www.vcclab.org/lab/babel 简介：相当于在线版的Babel，可以支持几十种结构文件格式的转换。注意不要打开浏览器弹出窗口过滤功能。 √ Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do 简介：一大批软件的在线计算工具，包括MEME（搜索一组DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到静电势分布、溶解自由 能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半径信息，转为apbs等软件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（创建pdbqt、GPF文件），Autogrid（计算autodock所需的格点文件），Autodock（分子对 接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO。 在线版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr Prodrg 2.5：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta 简介：输入结构或者在线绘制结构，生成gromacs等软件的拓扑文件，以及加过氢的pdb、gro、mol结构文件。支持gromos87/96力场，支持结构优化。 Karlsberg+：http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php 简介：基于线性PB方程在线计算蛋白质Pka PROPKA：http://propka.ki.ku.dk 简介：输入PDB ID或者上传pdb文件，计算PKa。输出结果包括每个残基的Pka，不同PH下的蛋白去折叠化能、最稳定时的PH值，折叠与去折叠时在不同PH下所带电 荷、等电点PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的PKa是已知的，但在蛋白中由于受到周围其它氨基酸的影响PKa会发生改变，故此程序有助于正确判断在 不同PH环境下模拟蛋白质时氨基酸所应处的质子化态。 H++：http://biophysics.cs.vt.edu/H++ 简介：通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计算Pk，并根据指定PH自动将结构质子化 ProBuilder：http://159.149.163.21/probuilder.htm 简介：输入蛋白质序列和预期的二级结构生成蛋白结构文件 PDBsum：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum 简介：输入PDB ID或者序列，显示蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要，可调用PROCHECK分析结构，可在线观看3D结构。 √ PLATINUM：http://model.nmr.ru/platinum 简介：此程序基于分子疏水势的概念。上传受体/配体结构文件后计算，会显示分子总面积、极性面积、非极性面积的大小。得到的疏水势格点文件可保存也可以在 线自动调用Jmol观看，以不同颜色描述分子的疏水/亲水性质，可以直观了解受、配体不同方式的的结合能力。对于脂体系可以显示2D疏水图。 √√ MarvinSketch：http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp 简介：一款功能强大的绘制分子结构、反应式并计算相关性质的软件的在线版，需要java运行环境，载入较慢。可自行绘制也可以直接通过名字生成结构 (edit-import name)，可以直接从模版库/基团库中插入结构(insert-template library/group)，可以保存结构文件到本地。可以显示周期表(view-periodic table)，获得smile字符串(选中分子，edit-save as smile，然后随便找个文本框paste)，显示3D结构(view-Open MarvinView3D/Space)，给出结构的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素组成(tools-Elemental analysis)，绘制滴定曲线、计算PKa、等电点、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的结构(tools-Protonation)，计算 LogP、LogD(tools-partitioning)，计算原子电荷、极化率、轨道电负性(tools-charge)，获得互变异构体、立体异 构体(tools-isomers)，计算各个异构体的能量、做简单分子动力学(tools-conformation)，结构拓扑分析、优化并计算能 量、计算SASA(tools-geometry)，显示氢键供体/受体原子数目、Huckel分析、计算折射率、显示共振结构、获得结构框架 (tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term语言编写表达式来通过性质筛选分子、计算属性。亦可免费下载此软件的单机版。 MarvinSpace：http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html 简介：在线的基于java的分子可视化程序，使用Opengl库，支持pdb、mol和cub格点文件。可用NewCartoon等方式显示蛋白质骨架结构，可以用几种方式显示分子表面，并在上面用颜色显示包括静电势在内的几种信息。缺点是程序载入很慢。 REDS(RESP ESP charge Derive Server)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDS 简介：在线计算RESP电荷，注册十分麻烦。 计算RRKM反应速率：http://phd.marginean.net/rrkm.html DynDom：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp 简介：输如蛋白质分子的两个构象，可分析出构象变化所绕着的旋转轴，以及导致结构变化的关键残基。结果可以用rasmol程序显示。 StrucTools：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html 简介：可以绘制蛋白质二级序列图，计算主链氢键，绘制B因子-残基图，计算残基所占体积并绘图，计算残基SASA，做Ramachandran图，做蛋白质旋转的gif/mpeg动画。 TarFisDock(Target Fishing Dock)：http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock 简介：反向对接程序，提供小分子结构，寻找受体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问，速度比较慢。 VRML File Creator：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator 简介：通过smile字符串或者结构文件，创建VRML(.wrl)文件。比如可以导入Acrobat 3D，在pdf文档中演示分子的立体结构。 w3DNA：http://w3dna.rutgers.edu 简介：输入核酸PDB ID或上传结构文件，分析其碱基结构参数。 WebMO：http://www.webmo.net/demo/index.html 简介：提供了友好的GUI界面，可以在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户登入，但运算时间限制在60秒以内，在缺乏计算条件下 可以应急使用。 估算REMD模拟适宜的温度设定：http://folding.bmc.uu.se/remd 在线蛋白质分析工具列表：http://www.bioinf.org.uk/servers PBT Profiler：http://www.pbtprofiler.net 简介：输入化合物代码或在线绘制结构，快速预测此化合物对环境污染的情况，包括在各种环境下的半衰期和分布状况、生物累积性、毒性等。 √ WHAT IF：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html 简介：提供了十分丰富的蛋白质模拟相关工具。包括同源模建、检查和修复蛋白结构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计算、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检测、计算盐桥、生成FlexDock输入文件等等。 |
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