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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】PM3优化的基础上采用6-31G*算单点能得到的结果与PM3下算得的大小次序不一致
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saradzj

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】PM3优化的基础上采用6-31G*算单点能得到的结果与PM3下算得的大小次序不一致 已有4人参与

我有A、B两种包结物，对它们我首先是采用了PM3方法进行结构优化，得到A、B两种物质的最稳定结构，它们的能量为A＜B,可是在此优化的基础上我又分别采用了B3LYP 6-31G（d）以及HF 6-31G（d）算最稳定结构下的单点能，可是得到的能量却是A＞B，并且比较奇怪的是采用PM3方法算得的结合能是负值，而后面的两种算得的结合能是真值。
    有没有哪位高手可以给小妹解释一下这是什么原因导致的，会不会是因为我的最稳定结构还没有找到啊？在此不胜感激！
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1楼 2010-07-29 09:41:47
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奔鲨

铁虫 (著名写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！！ 2010-07-30 08:06:15
semi empirical方法和ab initio以及DFT相比，置信度基本可以忽略
因为HF对electron coorlation忽略，可以采用MP2验证一下。
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to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
2楼2010-07-29 23:37:58
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saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 奔鲨 at 2010-07-29 23:37:58:
semi empirical方法和ab initio以及DFT相比，置信度基本可以忽略
因为HF对electron coorlation忽略，可以采用MP2验证一下。

那也就是说PM3算出来的不是很可靠，那如果采用MP2方法来算，我是不是也是 可以在PM3优化的基础上上来算呢，还有一个问题想请教一下，就是我后来采用的6-31G算出来的结合能是真值，那是不是意味着我没有找到最稳定的结构啊？
   谢谢！
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3楼2010-07-30 10:50:11
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
说说你的体系所含元素！！可能不适宜用PM3
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4楼2010-07-30 11:11:32
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saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-07-30 11:11:32:
说说你的体系所含元素！！可能不适宜用PM3

我体系里面就只有C、H、O三种元素，不过体系有点大的，有两百多个原子。我觉着应该也不是不适合用PM3，因为相似的计算大部分都是采用PM3方法来优化的。可是我就是搞不懂为什么会出现这种状况。
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5楼2010-07-30 13:00:37
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by saradzj at 2010-07-30 13:00:37:

我体系里面就只有C、H、O三种元素，不过体系有点大的，有两百多个原子。我觉着应该也不是不适合用PM3，因为相似的计算大部分都是采用PM3方法来优化的。可是我就是搞不懂为什么会出现这种状况。

换PM6，RM1。你确定结构合理？？有时候，半经验得到的结构很冏rz！！！

[ Last edited by heyo_123 on 2010-7-30 at 15:13 ]
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6楼2010-07-30 15:11:19
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saradzj

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-07-30 15:11:19:

换PM6，RM1。你确定结构合理？？有时候，半经验得到的结构很冏rz！！！

[ Last edited by heyo_123 on 2010-7-30 at 15:13 ]

结构应该是合理的吧，我的频率分析是不含虚频的。我做的是环糊精包结物的研究，对于这类研究，现在文献也大都是采用PM3方法来做的，因为这样会比较节约时间吧，PM6与RM1算起来费不费时间啊？
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7楼2010-07-30 15:56:40
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
saradzj(金币+5): 2010-07-30 19:33:18
PM3,AM1是上个世纪的半经验方法，而PM6,RM1是本世纪的半经验方法！！！！
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8楼2010-07-30 17:06:35
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saradzj

银虫 (小有名气)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！！ 2010-07-30 19:34:11
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-07-30 17:06:35:
PM3,AM1是上个世纪的半经验方法，而PM6,RM1是本世纪的半经验方法！！！！

这两种方法好像是gaussian09新增加的，但是我用的是gaussian03，里面好像不包含这两种方法。
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9楼2010-07-30 19:32:06
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by saradzj at 2010-07-29 09:41:47:
我有A、B两种包结物，对它们我首先是采用了PM3方法进行结构优化，得到A、B两种物质的最稳定结构，它们的能量为A＜B,可是在此优化的基础上我又分别采用了B3LYP 6-31G（d）以及HF 6-31G（d）算最稳定结构下的单点能 ...

要用PM6,RM1 可以用MOPAC
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10楼2010-07-30 19:34:43
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