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saradzj

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】PM3优化的基础上采用6-31G*算单点能得到的结果与PM3下算得的大小次序不一致 已有4人参与

我有A、B两种包结物,对它们我首先是采用了PM3方法进行结构优化,得到A、B两种物质的最稳定结构,它们的能量为A<B,可是在此优化的基础上我又分别采用了B3LYP 6-31G(d)以及HF 6-31G(d)算最稳定结构下的单点能,可是得到的能量却是A>B,并且比较奇怪的是采用PM3方法算得的结合能是负值,而后面的两种算得的结合能是真值。
    有没有哪位高手可以给小妹解释一下这是什么原因导致的,会不会是因为我的最稳定结构还没有找到啊?在此不胜感激!
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奔鲨

铁虫 (著名写手)

★
heyo_123(金币+1):鼓励交流!!! 2010-07-30 08:06:15
semi empirical方法和ab initio以及DFT相比,置信度基本可以忽略
因为HF对electron coorlation忽略,可以采用MP2验证一下。
to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
2楼2010-07-29 23:37:58
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saradzj

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 奔鲨 at 2010-07-29 23:37:58:
semi empirical方法和ab initio以及DFT相比,置信度基本可以忽略
因为HF对electron coorlation忽略,可以采用MP2验证一下。

那也就是说PM3算出来的不是很可靠,那如果采用MP2方法来算,我是不是也是 可以在PM3优化的基础上上来算呢,还有一个问题想请教一下,就是我后来采用的6-31G算出来的结合能是真值,那是不是意味着我没有找到最稳定的结构啊?
   谢谢!
3楼2010-07-30 10:50:11
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

说说你的体系所含元素!!可能不适宜用PM3
4楼2010-07-30 11:11:32
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saradzj

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-07-30 11:11:32:
说说你的体系所含元素!!可能不适宜用PM3

我体系里面就只有C、H、O三种元素,不过体系有点大的,有两百多个原子。我觉着应该也不是不适合用PM3,因为相似的计算大部分都是采用PM3方法来优化的。可是我就是搞不懂为什么会出现这种状况。
5楼2010-07-30 13:00:37
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by saradzj at 2010-07-30 13:00:37:

我体系里面就只有C、H、O三种元素,不过体系有点大的,有两百多个原子。我觉着应该也不是不适合用PM3,因为相似的计算大部分都是采用PM3方法来优化的。可是我就是搞不懂为什么会出现这种状况。

换PM6,RM1。你确定结构合理??有时候,半经验得到的结构很冏rz!!!

[ Last edited by heyo_123 on 2010-7-30 at 15:13 ]
6楼2010-07-30 15:11:19
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saradzj

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-07-30 15:11:19:

换PM6,RM1。你确定结构合理??有时候,半经验得到的结构很冏rz!!!

[ Last edited by heyo_123 on 2010-7-30 at 15:13 ]

结构应该是合理的吧,我的频率分析是不含虚频的。我做的是环糊精包结物的研究,对于这类研究,现在文献也大都是采用PM3方法来做的,因为这样会比较节约时间吧,PM6与RM1算起来费不费时间啊?
7楼2010-07-30 15:56:40
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

saradzj(金币+5): 2010-07-30 19:33:18
PM3,AM1是上个世纪的半经验方法,而PM6,RM1是本世纪的半经验方法!!!!
8楼2010-07-30 17:06:35
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saradzj

银虫 (小有名气)

★
heyo_123(金币+1):鼓励交流!!! 2010-07-30 19:34:11
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-07-30 17:06:35:
PM3,AM1是上个世纪的半经验方法,而PM6,RM1是本世纪的半经验方法!!!!

这两种方法好像是gaussian09新增加的,但是我用的是gaussian03,里面好像不包含这两种方法。
9楼2010-07-30 19:32:06
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by saradzj at 2010-07-29 09:41:47:
我有A、B两种包结物,对它们我首先是采用了PM3方法进行结构优化,得到A、B两种物质的最稳定结构,它们的能量为A<B,可是在此优化的基础上我又分别采用了B3LYP 6-31G(d)以及HF 6-31G(d)算最稳定结构下的单点能 ...

要用PM6,RM1 可以用MOPAC
10楼2010-07-30 19:34:43
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