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cxbaoa

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助一个药物的晶体结构数据!已有8人参与


环孢素A

菜鸟求助!不是搞晶体的,不知道怎么查!目的是想画出结构图来。(也是请别人画)
直接给我结果就行!求助大家!
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heyan1602

金虫 (正式写手)


cxbaoa(金币+2):谢谢参与
cxbaoa(金币+1):谢谢,环孢素C62H111N11O12 M=1202.63 2010-07-28 14:31:54
wsht212:谢谢交流,希望常来! 2010-07-28 14:42:08
你把药物的化学式写出来吧!
2楼2010-07-28 11:13:39
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11900490

木虫 (知名作家)

★ ★
cxbaoa(金币+2):谢谢参与
yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-28 11:58:13
将CCDC发到有机版块是为了有机虫子可以看看,下载!

这是CCDC主数据库文件下载链接,一共281M。
http://www.namipan.com/d/CCDC%e4 ... c654d317e5723d28f11
http://www.namipan.com/d/CCDC%e4%b8%bb%e6%95%b0%e6%8d%ae%e5%ba%93%e6%96%87%e4%bb%b6.rar/c4804965229a163a3be6e04454bf3c654d317e5723d28f11





另外主程序下载地址是(注意,主程序这里面没有数据库文件及其升级包。也就是说D:\Program Files\CCDC\ConQuest 1.3\csd1是空的。只要将CCDC主数据库文件以及升级包文件拷贝到这个目录下面就可以了。)
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/6589897.html
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/6589897.html






关于升级包的下载可以到这个新浪资料共享目录下面。
http://iask.sina.com.cn/u/113394 ... id=52196&page=0
http://iask.sina.com.cn/u/1133949350/ish?folderid=52196&page=0
3楼2010-07-28 11:19:58
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11900490

木虫 (知名作家)

wsht212:谢谢交流,希望常来! 2010-07-28 14:42:58
这是CCDC你自己下载然后自己查吧
4楼2010-07-28 11:20:23
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11900490

木虫 (知名作家)

★ ★
yanhualover(金币+2):谢谢交流 2010-07-28 11:57:57
从CCDC导出的CIF文件,画出ChemDraw图的方法。这样可以确保得到的图是正确的图,必要的检查是可取的。这样得到的图来自单晶的实验数据,具有权威性。


CCDC输出CIF文件


输出1.CIF文件


用XSHELL打开1.cif文件。


用XSHELL打开1.cif文件会出现错误提示


打开CIF文件格式


XSHELL打开的cif文件


选择H


杀掉H


双键


另存为CT文件


保存为CT格式文件


ChemDraw打开CT文件



压扁得到想要的结构图


得到的结构图
5楼2010-07-28 11:32:32
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11900490

木虫 (知名作家)

6楼2010-07-28 11:33:28
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11900490

木虫 (知名作家)

7楼2010-07-28 11:33:41
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11900490

木虫 (知名作家)

★ ★ ★
yanhualover(金币+3):谢谢交流 2010-07-28 11:57:16
对熟悉CCDC的都知道CCDC检索的方便,
这里我对自己最近的“再发现”的CCDC检索作者给以实例。让不熟悉CCDC的有机化学家门也能了解CCDC。使用CCDC帮助科研!





这是作者搜索框      


点击图中黑框标出的"Author/Journals"得到下图所示的画面


这就是作者搜索框,这里面有很多选项我们主要介绍一下作者名字和时间限定。下面我们以下面的新闻里面的人名作为搜索的对象


Menahem Kaftory,搜索词是M.Kaftory,这是规定的,注意中间没有空格


看到了吗,我们输入在作者框里面的词是M.Kaftory        


我们可以限定时间,这里我们看看作者在2009年都发表了什么


搜索结果:2009年Menahem Kaftory有 31 个晶体结构


另外一个方法是:不限定搜索年份,我们选择数据库年份,如图我们看到数据库是主数据库+25升级包.这时我们点掉前面的勾,得到下面的图


这时候我们看不到单独的数据库,需要点击上面的“单独显示数据库升级包选项”        



这时候我们看到各个升级包选项,我们可以点选各个数据库升级包。如图我们选择了三个升级包选项


搜索结构要少一些,只有12个晶体结构。













  CCDC主程序(没有数据库文件)http://ishare.iask.sina.com.cn/f/6589897.html      



这是CCDC主数据库文件下载链接,一共281M。
http://www.namipan.com/d/CCDC%e4 ... c654d317e5723d28f11



另外主程序下载地址是(注意,主程序这里面没有数据库文件及其升级包。也就是说D:\Program Files\CCDC\ConQuest 1.3\csd1是空的。只要将CCDC主数据库文件以及升级包文件拷贝到这个目录下面就可以了。)
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/6589897.html
http://www.namipan.com/d/CCDC%e4%b8%bb%e6%95%b0%e6%8d%ae%e5%ba%93%e6%96%87%e4%bb%b6.rar/c4804965229a163a3be6e04454bf3c654d317e5723d28f11



关于升级包的下载可以到这个新浪资料共享目录下面。
http://iask.sina.com.cn/u/113394 ... id=52196&page=0
8楼2010-07-28 11:34:07
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wzyou2008

木虫 (正式写手)

小木虫之小药虫

★ ★
cxbaoa(金币+2):谢谢参与
cxbaoa(金币+1):谢谢 2010-07-28 15:13:24
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-07-28 16:08:42
引用回帖:
Originally posted by cxbaoa at 2010-07-28 09:57:51:

环孢素A

菜鸟求助!不是搞晶体的,不知道怎么查!目的是想画出结构图来。(也是请别人画)
直接给我结果就行!求助大家!

下面的连接中,有你要的东西。PS: 你上面画的不是环孢素A!!!
http://d.namipan.com/d/deadf422d ... 8a9778340cdacb90000
随遇而安!
9楼2010-07-28 12:49:34
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11900490

木虫 (知名作家)

★ ★ ★
cxbaoa(金币+10):非常感谢! 2010-07-28 14:34:53
wsht212(金币+3):谢谢交流,希望常来! 2010-07-28 16:09:16
我给你搜索了一下发现有14个结果。
我把大体的搜索过程给你用快照弄下来了。你看看!搜索结果在附件里面,你可以下载文献

图片0:“环孢素A”的附件内容。
http://www.namipan.com/d/%e7%8e%af%e5%ad%a2%e7%b4%a0A.rar/fb7465043a19b1d51828e9ce52ca6881e951b473f6bf0000




下面是大体过程,图片下面有说明。


图片1:用搜索引擎找到“环孢素A”的英文名称“Cyclosporin A”


图片2:打开CCDC。然后选择“Compound Name”来搜索环孢素A。


图片3:在“Compound Name”框里面填上环孢素A的英文名称“Cyclosporin A”。


图片4:选择数据库,可以不用管这个。默认就行。


图片5:搜索结果一共14个。


图片6:我们用3维视图看看结果,非常漂亮!我们再用上面帖子提到的方法把结果导出来。然后用XSHELL来看并且导出为ChemDraw可以认识的CT格式。以便于ChemDraw编辑


图片7:用XSHELL来看并且导出为ChemDraw可以认识的CT格式。以便于ChemDraw编辑


图片8:ChemDraw编辑效果图。你可以根据需要来对取代基和官能团进行编辑

[ Last edited by 11900490 on 2010-7-28 at 14:15 ]
10楼2010-07-28 13:27:06
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