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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题
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liuxianlv

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题 已有6人参与

各位大哥大姐请教个问题：
   我想用MS的Amorphous cell建个含水和有机分子的体系，再用build-layer加到金属表面。建不起来，我分子是用高斯优化的，然后用GV另存为MOL引入MS的，水是直接在MS中画的再minimize得，只建含200水分子可以建。出如下错误。谢谢各位！




点YES出现下图

再点YES


[ Last edited by liuxianlv on 2010-7-25 at 10:07 ]
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1楼 2010-07-25 09:50:25
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liuxianlv

金虫 (正式写手)
牛，我居然把N与五元杂环的partial double bond人为的拉长点（原始结构是单键，优化结果变为了partial double bond可能是共轭原因），皆可以建呢，用periodic cell和confined layer均可。这是为什么呢？跟力场分配有什么关联吗？谢谢。
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11楼2010-07-26 14:36:22
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-07-25 12:58:12
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。
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好好学习，天天向上。
2楼2010-07-25 12:18:41
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liuxianlv

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-07-25 12:18:41:
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。

那怎么办呢？我以前高斯算的导入进来可以建
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3楼2010-07-25 17:44:45
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-25 19:13:08
引用回帖:
Originally posted by liuxianlv at 2010-07-25 17:44:45:

那怎么办呢？我以前高斯算的导入进来可以建

可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子，建好盒子后，再换回来。
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好好学习，天天向上。
4楼2010-07-25 19:08:17
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