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zodlee

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】模拟初学者,虚心请教模拟水溶液中的存在形态,运动行为模拟软件的选择。 已有8人参与

想进行些机理的探索,目前看来只能依靠模拟来解决。

现在看着教程自学MS,云里雾里的走一步看一步,总觉得可能也不一定适合。

想模拟某种化学成分,如阿司匹林?在水溶液中的存在形态,运动行为,应该如何选择模拟软件?

也查了一些资料,总是觉得和这个问题并没有很大的相关性。

特来求助论坛上各路英雄。

如果这一步完成了,想模拟加入辅料之后的阿司匹林水溶液的存在形态,运动行为呢?
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher

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zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-07-15 09:20:05
discover应该可以吧,只是建议而已。
2楼2010-07-15 09:10:29
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zodlee

银虫 (小有名气)

额?

是MS中的discover模块?

还是discover studio...
3楼2010-07-15 13:35:58
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qasd

木虫 (著名写手)

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hedaors(金币+1):谢谢回复! 2010-07-15 20:37:11
你是要研究构象和动力学性质以及与其他分子的相互作用?那首先要看哪个力场可以描述阿司匹林
4楼2010-07-15 20:10:05
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zodlee

银虫 (小有名气)

粗粒化法?

哎,懂得也不多,只能是摸着石头过河

还是希望大家多多指点,呵呵
5楼2010-07-16 00:06:36
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sikasun

木虫 (正式写手)


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顶顶,关注这个问题
6楼2010-07-16 09:57:12
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sikasun

木虫 (正式写手)


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引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-15 20:10:05:
你是要研究构象和动力学性质以及与其他分子的相互作用?那首先要看哪个力场可以描述阿司匹林

学习了,你的回答总是那么专业,并且很有道理。只是我基础薄弱,看不太明白。
力场该如何选择呢,类似的化合物使用的力场可以拿过来套用吗?做这个难就难在力场的选择和参数的确定上是吗?
7楼2010-07-16 10:02:27
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qasd

木虫 (著名写手)

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zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-07-17 08:41:19
基本可以,选择了一个正确的力场,基本就成功一大半了
8楼2010-07-16 23:02:26
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sikasun

木虫 (正式写手)


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引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-16 23:02:26:
基本可以,选择了一个正确的力场,基本就成功一大半了

谢谢
9楼2010-07-17 09:58:10
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)

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lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-07-17 16:05:54
另外一个可以考虑的模块,就是DPD, 做介观动力学。 这个可以模拟的尺度更大些。
10楼2010-07-17 13:51:11
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