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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】模拟初学者，虚心请教模拟水溶液中的存在形态，运动行为模拟软件的选择。
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zodlee

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】模拟初学者，虚心请教模拟水溶液中的存在形态，运动行为模拟软件的选择。 已有8人参与

想进行些机理的探索，目前看来只能依靠模拟来解决。

现在看着教程自学MS，云里雾里的走一步看一步，总觉得可能也不一定适合。

想模拟某种化学成分，如阿司匹林？在水溶液中的存在形态，运动行为，应该如何选择模拟软件？

也查了一些资料，总是觉得和这个问题并没有很大的相关性。

特来求助论坛上各路英雄。

如果这一步完成了，想模拟加入辅料之后的阿司匹林水溶液的存在形态，运动行为呢？
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1楼 2010-07-15 08:26:26
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
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zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-07-15 09:20:05
discover应该可以吧，只是建议而已。
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2楼2010-07-15 09:10:29
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zodlee

银虫 (小有名气)
额？

是MS中的discover模块？

还是discover studio...
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3楼2010-07-15 13:35:58
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qasd

木虫 (著名写手)
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hedaors(金币+1):谢谢回复！ 2010-07-15 20:37:11
你是要研究构象和动力学性质以及与其他分子的相互作用？那首先要看哪个力场可以描述阿司匹林
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4楼2010-07-15 20:10:05
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zodlee

银虫 (小有名气)
粗粒化法？

哎，懂得也不多，只能是摸着石头过河

还是希望大家多多指点，呵呵
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5楼2010-07-16 00:06:36
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sikasun

木虫 (正式写手)
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顶顶，关注这个问题
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6楼2010-07-16 09:57:12
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sikasun

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-15 20:10:05:
你是要研究构象和动力学性质以及与其他分子的相互作用？那首先要看哪个力场可以描述阿司匹林

学习了，你的回答总是那么专业，并且很有道理。只是我基础薄弱，看不太明白。
力场该如何选择呢，类似的化合物使用的力场可以拿过来套用吗？做这个难就难在力场的选择和参数的确定上是吗？
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7楼2010-07-16 10:02:27
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qasd

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zzy870720z(金币+1):谢谢建议 2010-07-17 08:41:19
基本可以，选择了一个正确的力场，基本就成功一大半了
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8楼2010-07-16 23:02:26
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sikasun

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引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-16 23:02:26:
基本可以，选择了一个正确的力场，基本就成功一大半了

谢谢
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9楼2010-07-17 09:58:10
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yjmaxpayne

木虫 (正式写手)
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lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-07-17 16:05:54
另外一个可以考虑的模块，就是DPD， 做介观动力学。 这个可以模拟的尺度更大些。
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10楼2010-07-17 13:51:11
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