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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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panguohui

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】fullprof 精修,指标化-欢迎参与讨论已有7人参与

初始接触精修,获得一个未知晶态化合物,用WinPLOTR 进行指标化时,产生一个PCR文件,在fullprof下运行,衍射峰位和指标化都较好,但实验曲线与计算的强度有很大差别,该如何编辑PCR文献,调整哪些参数啊,使他们吻合较好。
请教高手!
下面是我调整峰形参数后得到的拟合图,比最初好多了,但有2个峰强度差别仍较大。
该材料为六方晶系,晶胞参数:7.5476    7.5476    9.5047   90.0000   90.0000  120.0000


[ Last edited by panguohui on 2010-7-12 at 00:52 ]
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)


yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-12 14:49:15
panguohui(金币+2): 2010-07-14 21:05:09
定标因子、零点位移、背景、晶胞参数、峰型参数、原子坐标、占位率、温度因子等等
much to learn
2楼2010-07-11 18:32:33
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panguohui

银虫 (小有名气)

★ ★
yanhualover(金币+2):谢谢交流 2010-07-12 14:49:07
引用回帖:
Originally posted by daxu at 2010-07-11 18:32:33:
定标因子、零点位移、背景、晶胞参数、峰型参数、原子坐标、占位率、温度因子等等

谢谢你的指点,想必你一定很熟悉晶体结构解析了。我也看了fullprof的指南手册,但觉得很多还是搞不清楚啊,挺难的。
情况是这样:最近我合成了一个新的化合物,是纯相的,只有粉末XRD,连成分都还确定不了,测量了ICP和CHN分析,能大致给出分子式。我想确定它的结构,该怎么一步步来?请指点?我看有人发帖按如下步骤做,是这样吧?
“首先,如果有同构的就好办了!
如果没有同构,要指标化(ITO, TREOR, DICVOL, MCMAILLE....),解析空间群(CHEKCELL...)。
  接着就要提取结构因子(FULLPROF, GSAS..)----倒空间法
  或者构建几何刚体(FOX,EXPOIR...),直接模拟。-----正空间法!
或者charging flipping, (topas4.0 , jana2006...)
SIR2008,EXPO2009都是很好的软件!
最后就是结构精修(FULLPROF, GSAS,LHPM...)!”
我的尝试如下:
用fullprof suite这个软件包解析结构,利用Winplotr 指标化,确定出晶胞参数,晶系,并获得一个PCR文件,用fullprof运行这个文件后,得到PRF文件,可在winplotr打开,看到profile fitting 的结果,发现位置对的很好,但强度差别大,调整PCR文件的峰形参数U,V,W,拟合效果好的多,但个别峰强渡差别仍很大(如上图),现在问题是很多参数,如您所说的“原子坐标、占位率、温度因子”都确定不了啊,下一步怎么办呢?请指点?利用Checkgroup 给出的空间群却是一系列可能项,我怎么进一步确定呢?其它的精修步骤又该如何进行?如获得键长,键角,原子坐标等。

[ Last edited by panguohui on 2010-7-12 at 00:48 ]
科技梦想!
3楼2010-07-12 00:39:17
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
yanhualover(金币+2):谢谢交流 2010-07-12 14:48:56
实在抱歉,我对解结构并不熟悉,只是对一般的结构精修了解而已
我觉得你应该首先确定分子式,然后再谈什么结构解析,确定了分子式之后,然后根据指标化的结果找相似的结构模型,再进行结构解析。如果能制得单晶最好了,结构就好解多了
我也是门外汉,建议仅供参考~~~
much to learn
4楼2010-07-12 09:06:39
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xujun16

银虫 (著名写手)


yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-12 14:48:49
panguohui(金币+2): 2010-07-14 21:04:29
你好!
该如何编辑PCR文献,调整哪些参数啊?
答:看你好像是在做Le Bail Fitting , 那么就调整zeroshift, peak shape, peak asymmetry...
谢谢参考!

[ Last edited by xujun16 on 2010-7-12 at 10:32 ]
5楼2010-07-12 10:23:26
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panguohui

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xujun16 at 2010-07-12 10:23:26:
你好!
该如何编辑PCR文献,调整哪些参数啊?
答:看你好像是在做Le Bail Fitting , 那么就调整zeroshift, peak shape, peak asymmetry...
谢谢参考!

[ Last edited by xujun16 on 2010-7-12 at 10:32 ]

是的,我用的就是做Le Bail Fitting。再问一下,你说的有些变量,我不确定是哪个?
zeroshift 是变量Zero-Zero Point (Zero for T)还是 Code-codeword (codeword for zero-shift )?他们各有什么意义啊,是和衍射仪的较准有关嘛?
Peak shape是包括,Shape1, U,V.W,这些嘛?
Peak asymmetry应该包括PA1,PA2,PA3,PA4这些参数吧。
不知道这些参数的一般调节范围多大。
科技梦想!
6楼2010-07-12 13:48:47
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xujun16

银虫 (著名写手)

★ ★
yanhualover(金币+2):谢谢交流 2010-07-12 14:48:37
panguohui(金币+5): 2010-07-14 21:04:54
你好!
不知道这些参数的一般调节范围多大?
答:精修是指:一个渐渐逼近的过程,在这个过程中,参量可以慢慢调整到函数收敛的附近,我们勾上变量,它就自动收敛了。
      那么我们如何设定这些初始变量呢?详见:小木虫(profile fitting的帖子),通过profile fitting,我们能够得到相近的初始变量,拟合就一定收敛。
     Le Bail fitting 的修正参数,为cell parameters  zero shift  peak shape(U,V.W eta-)  peak asymmetry(PA1,PA2,PA3,PA4)....
不知道这些参数的一般调节范围多大?
答:请通过profile fitting获得!
     谢谢参考!
7楼2010-07-12 14:30:04
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panguohui

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xujun16 at 2010-07-12 14:30:04:
你好!
不知道这些参数的一般调节范围多大?
答:精修是指:一个渐渐逼近的过程,在这个过程中,参量可以慢慢调整到函数收敛的附近,我们勾上变量,它就自动收敛了。
      那么我们如何设定这些初始变量呢?详 ...

问你一下,为什么很多参数下面都对应两行数据,并且下面的是些较大的整数,他们一般分别对应什么?
科技梦想!
8楼2010-07-14 22:14:26
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xujun16

银虫 (著名写手)

yanhualover:谢谢交流 2010-07-21 16:13:59
引用回帖:
Originally posted by panguohui at 2010-07-14 22:14:26:


问你一下,为什么很多参数下面都对应两行数据,并且下面的是些较大的整数,他们一般分别对应什么?

你好!
我可能没有注意到这个问题!你可以截图上来,看看!
9楼2010-07-15 11:41:11
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panguohui

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xujun16 at 2010-07-15 11:41:11:

你好!
我可能没有注意到这个问题!你可以截图上来,看看!

科技梦想!
10楼2010-07-15 18:06:38
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