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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】g09如何指定内存
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】g09如何指定内存已有4人参与

用了g09之后，还是像过去用g03那样，用"%mem=800MW"指定内存，可是交了任务开始算后，总是显示如下：



内存总是显示只用了零点几或是一点几，不知道是指定内存的关键字用错了（个人觉得不是，因为g09没有报错），还是g09的问题？（机器应该没有问题，因为用g03和别的软件都不存在这个问题）

希望高手解答，多谢了！
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1楼2010-07-06 20:48:44
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):感谢讨论 2010-07-07 15:18:42
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2085070
我早就发现这个问题了，无解
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2楼2010-07-06 21:23:42
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sunlong650

木虫 (正式写手)

懒虫
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
学习了，长见识了
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中华崛起
3楼2010-07-06 21:35:22
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xiaoma541

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+8):感谢详细介绍 2010-07-07 15:19:21
知道800mw相当于多少mb吗？是6400mb= 6.4GB
gaussian说明书中提到计算效率的时候有说明各个计算任务所需内存大小的估算
普通计算过程如L401，L502等计算所需内存一般仅有几十兆或几百兆就可以了 当然体系大些所需内存也会相应增加 与basis set成二次方

如果指定的内存很大，计算任务用不了那么大，就会有很多空闲内存。系统需要去处理一下去选择多少内存合适。这样也会降低一些计算效率的。

当计算freq也就是在L1102进程中，对内存的需求比较大，有一个命令freqmem 可以帮你计算一个体系所需内存的大小，与开壳层闭壳层、basis set数目、原子数目、基组劈裂方式等有关。

另外串行和并行之间内存的需求也是不同的，如1nproc所需内存为1GB，2nproc则为1.75GB,有一个公式可以帮助大家估算并行的内存：Mem(n proc) = Mem (1 proc) *（0.75* n + 0.25）


因此，提交任务之前最好估算一下计算所需内存的估算值。这样才能保证较高的计算效率。

如果计算任务设定的内存小于所需内存，则在计算的时候就会被迫降低效率或是使用更大的硬盘来弥补内存的不足，内存最好不要小于计算所需最小值；

例如当内存不够用的时候，计算freq时常常出现
CoulSu:  requested number of processors reduced to:   1 ShMem   1 Linda
这是gaussian进行了降低并行效率的处理。这个时候你会发现cpu的并行数目要小于你的设定值。

当物理内存或是硬盘不能满足所需内存的最小值时，就会报错停止计算，好像是出现Netrr Error。

希望会对大家有帮助。

[ Last edited by xiaoma541 on 2010-7-6 at 22:59 ]
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4楼2010-07-06 22:54:36
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiaoma541 at 2010-07-06 22:54:36:
知道800mw相当于多少mb吗？是6400mb= 6.4GB
gaussian说明书中提到计算效率的时候有说明各个计算任务所需内存大小的估算
普通计算过程如L401，L502等计算所需内存一般仅有几十兆或几百兆就可以了 当然体系大些所 ...

非常感谢楼上的详细回答，我觉得奇怪的就是过去用G03时，指定多少内存系统就会显示多少，而g09无论指定多少内存，都是零点几、一点几，很不解
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5楼2010-07-07 09:28:13
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xiaoma541

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你的图中的是1.2%
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6楼2010-07-07 11:24:57
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiaoma541 at 2010-07-07 11:24:57:
你的图中的是1.2%

是啊，就是一点几这样子
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7楼2010-07-07 13:01:50
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xiaoma541

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):谢谢讨论 2010-07-07 15:19:36
比如你系统有8gb内存 有1.2% 也就是96mb 也没啥错吧
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8楼2010-07-07 13:06:37
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiaoma541 at 2010-07-07 13:06:37:
比如你系统有8gb内存 有1.2% 也就是96mb 也没啥错吧

我知道你的意思，可是我是16GB的内存，我交了800MW，就是6.4GB，以前用G03算都会显示40%的
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9楼2010-07-07 14:02:17
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