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六世之爱

铜虫 (小有名气)

[求助] MS运行时CPU占用率很低,怎么设置多核并行呀

我的电脑是i7 四核处理器,内存8G,win7的操作系统,在运行MS进行Demol3计算的时候我发现CPU占用率非常低,不超过20%,内存也不超过45%。不知道怎么样才能设置多核并行计算啊,我现在算的超慢的说。
我还有一个问题,就是计算金属卟啉分子的时候选用compass力场总显示计算失败,最后结果显示为Energy Server failed.
The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 1 particle.
Unable to calculate energy and gradients.
Geometry optimization finished with an error condition.
难道是我卟啉分子画错了?我就是先在sketch fragment里面选择金属模板,选4 coordinate D4h,选择原子为锌,然后把剩下的卟吩环画进去了。

[ Last edited by 六世之爱 on 2012-5-11 at 09:43 ]
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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六世之爱: 金币+10, 非常感谢,能在帮我回答一下吗,谢啦 2012-05-11 10:26:23
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-05-11 10:43:14
i7四核处理器,是8个线程还是4个线程的?在job control 里有个run in parallel on ? of 4或者8 processors.不管选4还是8个,windows里显示的进程cpu占用率加起来应该接近100%就是正常的。内存Max, memory里设置大点就可以。

compass里没有1个粒子的力场,可能是那个金属原子的力场没找到。
2楼2012-05-11 10:20:56
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六世之爱

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by visualization at 2012-05-11 10:20:56:
i7四核处理器,是8个线程还是4个线程的?在job control 里有个run in parallel on ? of 4或者8 processors.不管选4还是8个,windows里显示的进程cpu占用率加起来应该接近100%就是正常的。内存Max, memory里设置大 ...

是8线程的,您说的那个job controll 里面只有gateway的下拉菜单是可以选择的,queue的菜单不能用,没找到你说的这个东西呀。您的意思是compass不能计算单分子吗?不是说compass可以用于包括过度金属在内的有机物计算吗,我的金属原子就是锌。太感谢啦!
3楼2012-05-11 10:25:58
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-05-11 10:43:40
六世之爱: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 先谢谢啦,貌似我装的软件有点问题,决定卸了重新装一遍。 2012-05-13 13:59:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by 六世之爱 at 2012-05-11 10:25:58:
是8线程的,您说的那个job controll 里面只有gateway的下拉菜单是可以选择的,queue的菜单不能用,没找到你说的这个东西呀。您的意思是compass不能计算单分子吗?不是说compass可以用于包括过度金属在内的有机物 ...

dmol模块里有选择内存设置。动力学模块里确实没有设置内存。动力学计算内存占用量不大。

compass可以计算单分子,但是它并没有覆盖元素周期表。错误提示里没告诉是哪个粒子的参数没有么?可以在discover set up对话框中的typing标签下force field typs确认下,看什么原子或者成键项没有参数
4楼2012-05-11 10:37:26
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