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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Linux应用 » G09安装各步骤的实际意义
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

[求助] G09安装各步骤的实际意义

这几天，我买来CentOS6.0（64位）安装后，再试图安装运行G09A.01，但没成功。在多次安装G09的过程中遇到过各种问题。而最后一次安装最绝：在运行了 g09.install ，修改 了.bashrc 和 g09.profile ，退出终端后，竟然再也无法以安装用户的身份进入系统。
十多年前，我曾安装使用过 G98的linux版本，记得没有现在G09这么麻烦。但无论是哪一次安装，我都觉得没有理解全部安装步骤中每一步的实际意义，尽管本版中有几个帖子对安装做了许多非常有意义的讨论（我已反复拜读过），但仍不明白其中的全部道理。故就以下几个问题求教于高手。谢过先！
1、以CentOS6.0为例，为安装运行G09，应选择系统的最小安装，还是其他什么设置的系统安装？为什么？
2、我安装了系统后每次 键入 csh 或 /bin/csh 都进不了 C shell ，echo $SHELL 显示系统一直在 bash 中打转，是我安装系统出错了吗？
3、运行g09.install的目的是什么？
4、本版广泛讨论的安装贴都提到，“按照网上的某某”样式，通过修改G09使用人的 .bashrc 文件使G09安装成功等等，可否请高手结合一个例子解释一下，对该文件中每一步修改的目的？而且，这些帖子中多数都没有提及是否需要进入 C shell进行操作，为什么？
5、在G公司官网上给出的安装过程中根本没有提及要修改 .bashrc，而是说要在C shell 下安装，且需要修改 g09profile 或 g09login ，这是为什么？难道 .bashrc 和 g09.profile 改其一即可？
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愿好运与快乐伴随你！
1楼 2012-06-27 20:17:49
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
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小红豆: 金币+10, 专家很辛苦了。 2012-06-27 21:36:16
gmy1990: 金币+50 2012-06-30 09:45:22
gmy1990: 金币+50, 代发100金币 2012-06-30 09:45:50
俺觉得，最根本的问题，是您对UNIX-like系统的Shell环境不熟悉。

这有点像外行进了化学实验室，俺看他怎么做都不对，可是让俺写出步骤，俺也不可能写得那么详细。例如，打开瓶子盖后，盖子尽量不要放在桌子上；如果必须要放，也要翻过来放。他就问：怎么放才叫翻过来？

Unix-like的Shell，主要有bsh, csh和tcsh。有的命令，三者差别不太大，可有的命令（及其参数），三者差别极大。所以，俺建议您找一本Unix Shell操作的小册子，看上几个小时，很值，能帮您理解您所遇到的问题，帮您消消气。但遇到具体问题，您还得自己动手。

俺安装过大量的软件（包括编译、链接），遇到的问题不外乎以下几类：

（1）路径问题
敲的命令，无法执行，主要是因为找不到该命令所对应的文件
Unix-like的不同Shell，对路径的处置不一样，才造成您所遇到的这些麻烦。

（2）库问题
编译、链接或执行时，找不到库，嗯，其实还是路径问题

Unix-like的高手，都是自己敲命令、找路径的，很是随心所欲。您千万别指望有那么一本葵花宝典......
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quantumor
2楼2012-06-27 21:25:19
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yalefield at 2012-06-27 21:25:19
俺觉得，最根本的问题，是您对UNIX-like系统的Shell环境不熟悉。

这有点像外行进了化学实验室，俺看他怎么做都不对，可是让俺写出步骤，俺也不可能写得那么详细。例如，打开瓶子盖后，盖子尽量不要放在桌子上；如 ...

没法给老汉币币，只好送花了。
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4楼2012-06-28 09:42:55
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
请问3楼一个问题，你安装过程中是否修改了g09.profile文件？
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5楼2012-06-28 09:45:01
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by quantumor at 2012-06-28 11:05:57
请教6楼：
1、我说的修改g09.profile的意思是在按G公司的安装说明在其中补充加入环境变量，这和你说的变量设置的含义一致。对吗？
2、帖子中写的g09.install有误，应该是运行bsd/install，这需要吗？

我应该说的挺清楚的了吧？g09.profile那个文件你不需要修改，直接在.bashrc中source即可。bsd/install是linda版本的才需要，不带linda的不需要，所以需不需要看你的Gaussian是什么版本的？
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10楼2012-06-28 12:56:14
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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
quantumor: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢3楼的回复，至少说明存在这种顺利安装的可能性。 2012-06-28 09:41:46
我的系统和你一样，是Centos的5.5版本，G09很容易安装的。

只需要设置.bashrc就好了。

1、建议完全安装Centos的linux系统。
2、我的G09的.bashrc如下：
我的高斯安装在/usr/local/g09
# setting Gaussian 09
export g09root=/usr/local/g09
export GAUSS_EXEDIR=$g09root/g09
export GAUSS_SCRDIR=$g09root/g09/scratch
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

呵呵 祝你成功！
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3楼2012-06-28 09:27:25
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
quantumor: 金币+200, ★★★★★最佳答案, 受益非浅。 2012-06-28 10:57:43
所谓的进入csh和执行$g09root/g09/bsd/install是指带有linda并行的版本（楼主提到的g09.install没听说过），install会根据$g09root修改linda的一些环境变量和参数。

至于不带Linda的版本，安装步骤只有两步，第一步，解压；第二步，设置环境变量。
假如你的目录结构如下：
/home/username/g09/g09  (第一个g09是目录，第二个g09是可执行文件）
那么环境变量的设置就是：
export g09root=/home/username  （就g09目录的上一级目录）
source $g09root/g09/bsd/g09.profile (你绝对不需要修改这个文件）
export GAUSS_SCRDIR=/tmp  （这一句设置Gaussian的临时文件的目录，如果不设置的话临时文件会写在作业的当前目录）

就上面这三句，不需要设置什么PATH或者LD_LIBRARY_PATH，这个在g09.profile文件中都设置好了，而且除此之外g09.profile还设置了其他的变量，source这个比你手动设置要好很多。

楼主提到进入不了安装的用户，解决办法很简单，用root用户编辑该用户的.bashrc，把自己设置的那部分先注释掉，然后保存退出，之后就可以正常进去了。
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6楼2012-06-28 10:40:33
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
你绝对不需要修改g09.profile这个文件
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7楼2012-06-28 10:41:58
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
请教6楼：
1、我说的修改g09.profile的意思是在按G公司的安装说明在其中补充加入环境变量，这和你说的变量设置的含义一致。对吗？
2、帖子中写的g09.install有误，应该是运行bsd/install，这需要吗？
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愿好运与快乐伴随你！
8楼2012-06-28 11:05:57
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药物设计

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BioMS.org

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by quantumor at 2012-06-28 09:42:55
没法给老汉币币，只好送花了。...

不需要修改g09.profile
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9楼2012-06-28 11:15:07
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