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yadff

新虫 (初入文坛)

[交流] 【请教】关于生成键长键角问题的求助 已有4人参与

我的晶体结构中有2种Cu。Cu1和6个N配位,Cu2和4个N还有2个水分子配位。可是在shexlt里生成键长时Cu1却只有4个,分别是Cu1-N1(2.035),Cu1-N3(2.047),Cu1-N4(2.092),Cu1-N6(1. 983),剩下的那2个却没有,我在diamond里手动的量了一下剩下的那2个Cu1-N2(2.681),Cu1-N5(2.583).但是diamond里的distance\angles里也没有这2个键长。Cu2情况类似,我该怎么办。我写文章时怎么解释这一现象呢?希望大家帮帮我,我将万分感谢。
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)


yadff(金币+5): 2010-07-07 08:06:13
yunruirui(金币+1):谢谢交流,希望常来 2010-07-08 09:56:30
你在解结构的时候有没有看到这些键呢?如果没有,你要在INS文件里加入BIND Cu N1 命令,让这两个原子键连。如果还不行你就试试LINE命令~希望有帮助
学无止境
2楼2010-07-06 22:56:07
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yadff

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by cluster8676 at 2010-07-06 22:56:07:
你在解结构的时候有没有看到这些键呢?如果没有,你要在INS文件里加入BIND Cu N1 命令,让这两个原子键连。如果还不行你就试试LINE命令~希望有帮助

就是我在cif文件里看的时候这几个键都是连在一起的,Cu1是和六个N相连的。可是生成键长的时候就没有生成最长的那2个键了。
3楼2010-07-07 08:08:27
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

yunruirui:谢谢交流,希望常来 2010-07-08 09:57:11
引用回帖:
Originally posted by yadff at 2010-07-07 08:08:27:

就是我在cif文件里看的时候这几个键都是连在一起的,Cu1是和六个N相连的。可是生成键长的时候就没有生成最长的那2个键了。

你把修完的文件给我发过来看看吧!
zhangqiang1208@gmail.com
学无止境
4楼2010-07-07 22:54:16
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist


yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-08 12:01:12
yadff(金币+10): 2010-07-10 14:06:12
在显示原子是否成键,各个软件是不同的,因为他们的默认成键距离不一样,你可以更改他们的默认值,这样就可以使各个仪器相同了。
5楼2010-07-08 09:58:25
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yeqs1

铁杆木虫 (职业作家)


yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-08 12:01:17
yadff(金币+10): 2010-07-10 14:06:55
这个是因为这两个键长太长了,超出了程序的设定范围,
程序默认这两个没有成键,
一般来说铜都是形成严重变形的八面体配位形式,
轴向的两个键长特别长,
这时要手动将它们设置成键!
6楼2010-07-08 10:36:33
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yadff

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by yeqs1 at 2010-07-08 10:36:33:
这个是因为这两个键长太长了,超出了程序的设定范围,
程序默认这两个没有成键,
一般来说铜都是形成严重变形的八面体配位形式,
轴向的两个键长特别长,
这时要手动将它们设置成键!

不好意思,怎么在diamond里面手动设置使之生成键长和键角啊?
7楼2010-07-10 14:12:21
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yeqs1

铁杆木虫 (职业作家)


yanhualover(金币+1):谢谢交流 2010-07-11 23:10:22
yadff(金币+10): 2010-07-12 08:13:02
在diamond里面可以通过设置“build-----connectivity”它们成键,但好像在键长表中也没有这个值。
但问题好像不大,我发文章的时候都没管CIF文件里有没有这些
8楼2010-07-11 21:07:23
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yadff

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by yeqs1 at 2010-07-11 21:07:23:
在diamond里面可以通过设置“build-----connectivity”它们成键,但好像在键长表中也没有这个值。
但问题好像不大,我发文章的时候都没管CIF文件里有没有这些

我在描写晶体结构的时候需要列举金属铜的配位的键长和键角,就是觉得这2个很大,和其余的4个不一样。我还需要把这2个不同的列举出来吗?谢谢了
9楼2010-07-12 08:11:50
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yeqs1

铁杆木虫 (职业作家)

yadff(金币+15):谢谢了。 2010-07-13 09:52:12
一般在写文章时都要提到这两个比较特别的键长的,
你可以多看看相关文献,看别人是怎么写的
10楼2010-07-12 09:08:21
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