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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【原创】分子筛建模
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【原创】分子筛建模已有3人参与

MS里面自带了很多分子筛，但是假如需要得到像MCM-41这样的,MS里面没有的分子筛该怎么办？那就得自己建了，以下是主要步骤。
1.        File->Import->Material studio4.3/share/structures/glasses/SiO2_21A.3d.msi。
2.        Build->Symmetry->Supercell->输入A,B,C数值（比如说3*7*2）->按“Create supercell”。
3.        Edit->Atom Selection->Select by property,然后在下拉菜单中选择“Radial Distance”->Within->10A(挖孔的直径，可以根据不同实验的文献有所变动)->Relative to->location->输入坐标（如21.42,21.42,0）。Selection mode选择第一个->select->右键delete(每次在z 方向推进2A，这样在慢慢推进后就会挖出一个圆孔)。然后根据MCM-41的六方结构，通过几何规则确定其他的圆心，按照以上方法挖出孔道。
4.        点击“Adjust Hydrogen”(H)为挖空后的Si补齐电荷。
5.        Edit->Atom Selection->Select by property下拉菜单中选择Element->选择Si->Selection mode下选择第一个->点击Select->Select by property下拉菜单中选择 connected-> Selection mode下选择第一个->点击 Select-> Select by property下拉菜单中选择 element->选择H-> Selection mode下选择第二个->点击Select->Modify->Modify element->oxygen->点击“Adjust Hydrogen”。
6.        Edit->Find patterns找出孔壁上连有3个-OH的Si,将该结构删除，再补足H原子，完成后的MCM-41结构如图1所示，还需要分子动力学优化才能使用Sorption模块或者其他的GCMC软件进行GCMC模拟。
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好好学习，天天向上。
1楼2010-06-30 14:45:55
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飞天使

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

图1是这样的

zxhuizhang

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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