应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】周期边界条件设定
52/1返回列表
查看: 2419  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】周期边界条件设定 已有4人参与

Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊，是只要两两垂直就行吗？

还有PME，PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依据什么设定的，应该怎么设

上面这两个都采用默认值，对一般的模拟有影响吗
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-27 08:51:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-28 13:21:03
574384607(金币+2): 2010-06-28 14:50:58
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-28 10:09:03:

奥
PMEGridSize 设的是比盒子值大些
版主，我有个疑问，以前看到过PME，我也查过它，说是什么相乘格点数什么的，也没能清楚，而且我在conf中试着把它调的比边长小时，运行时会提示错误。PME它的物理含义到底是 ...

这个东西是PME算法所需要的参数，只有足够密的格子才能使静电力算出来的足够准确
赞一下(1人) 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
11楼2010-06-28 12:29:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

zhangdagou5858

银虫 (小有名气)
★
574384607(金币+1): 2010-06-28 08:32:13
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-28 08:51:49
建议你看看gromacs的教程吧，答案找得到
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-06-28 02:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★
574384607(金币+2): 2010-06-28 08:33:09
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-28 08:51:26
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-27 08:51:30:
Periodic Boundary conditions里cellBasisVector1    cellBasisVector2     cellBasisVector3     是怎么赋值啊，是只要两两垂直就行吗？

还有PME，PMEGridSizeX        PMEGridSizeY   PMEGridSizeZ      是依 ...

PBC三个要和你的水箱形状相匹配，具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧，垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大，并且最好是2 3 5的倍数，比如水箱长76，则PME最好设80而不是79，因为80=2^4*5
赞一下(1人) 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-06-28 07:43:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-06-28 07:43:41:


PBC三个要和你的水箱形状相匹配，具体来讲比你的水箱略大个1A或零点几A吧，垂不垂直要看你的体系

PME的长度需要比你的水箱长度略大，并且最好是2 3 5的倍数，比如水箱长76，则PME最好设80而不是79，因为80 ...

PBC三个边长向量我设的和水箱的边长一样大，已经做开优化了，这样有影响吗？
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-28 08:35:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭