24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1560  |  回复: 10

xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】急!如何使用platon计算包含偏差的氢键 已有5人参与

怎么样用platon计算氢键呢?刚刚学了一下,可是得到了没有偏差呀?应该怎么获得准确的氢键偏差呢?还有platon可以计算pi-pi的距离,可是也没有偏差呀?这个是我刚刚得到的数据:
(Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A    A..H..A* A'..H..A" Sum\(XY,YZ\)  Sum\(XZ\))s
(------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------)s
( 1       1 O1    --H1WA   ..O4     [  2665.01]       0.80       1.96     2.7379        164)s
( 2 Intra 1 O1    --H1WB   ..N5     [         ]       0.87       2.01     2.7610        145)s
( 3       1 N4    --H4     ..O5     [  1565.01]       0.86       1.98     2.8386        177)s
( 4       1 N6    --H6     ..O4     [  1545.01]       0.86       1.96     2.8233        176)s
( )s
( 5       1 C7    --H7     ..O2     [  2666.01]       0.93       2.56     3.3077        137)s
( )s
谢谢帮忙!!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yy0520yy

金虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yunruirui:谢谢交流 2010-06-26 09:17:47
我也遇到过这样的问题,没有的写文章的时候不写好像也没事。
2楼2010-06-26 09:03:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
wsht212:谢谢交流,希望常来! 2010-06-26 13:07:51
帝夫(金币+1): 2010-06-29 01:01:27
diamond里所有的偏差都会出现,你可以用diamond测量下的,
3楼2010-06-26 11:23:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)

帝夫:感谢回帖交流! 2010-06-29 01:01:31
修改意见说让在platon中得到pi-pi的值,还说要有准确的偏差,咋整呀
4楼2010-06-26 20:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

文言文

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
wsht212:谢谢交流,希望常来! 2010-06-27 07:51:11
platon输入cif文件就有偏差了!
5楼2010-06-26 21:36:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yy0520yy

金虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yunruirui:谢谢交流 2010-06-27 13:56:33
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-26 21:36:05:
platon输入cif文件就有偏差了!

这个不一定吧。
6楼2010-06-27 09:19:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

文言文

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
帝夫:感谢回帖交流! 2010-06-29 01:01:45
引用回帖:
Originally posted by yy0520yy at 2010-06-27 09:19:11:

这个不一定吧。

你试试就知道了,呵呵!
7楼2010-06-27 15:16:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)

帝夫:感谢回帖交流! 2010-06-29 01:01:50
我试了,还是没有偏差呀,难道需要什么命令么?下面是我刚刚计算得到的,或者是我那里没有操作明白呢?
(Cg\(I\) Res\(I\)   Cg\(J\)  [   ARU\(J\)]       Cg-Cg   Transformed J-Plane P, Q, R, S   Alpha    Beta   Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage)s
( )s
(Cg1    [ 1] -> Cg1    [  2666.01]      5.2113   0.6484-0.1448-0.7474   -3.0743    0.00   48.71   48.71   3.439   3.439   3.915)s
(Cg1    [ 1] -> Cg2    [  2666.01]      4.4657   0.6481-0.1632-0.7438   -3.1546    1.07   39.27   39.26   3.458   3.457)s
8楼2010-06-27 17:23:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)

帝夫:感谢回帖交流! 2010-06-29 01:01:56
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-27 15:16:54:

你试试就知道了,呵呵!

我试了,还是没有偏差呀,难道需要什么命令么?下面是我刚刚计算得到的,或者是我那里没有操作明白呢?
(Cg\(I\) Res\(I\)   Cg\(J\)  [   ARU\(J\)]       Cg-Cg   Transformed J-Plane P, Q, R, S   Alpha    Beta   Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage)s
( )s
(Cg1    [ 1] -> Cg1    [  2666.01]      5.2113   0.6484-0.1448-0.7474   -3.0743    0.00   48.71   48.71   3.439   3.439   3.915)s
(Cg1    [ 1] -> Cg2    [  2666.01]      4.4657   0.6481-0.1632-0.7438   -3.1546    1.07   39.27   39.26   3.458   3.457)s
9楼2010-06-27 17:28:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

文言文

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
帝夫(金币+1):感谢回帖交流! 2010-06-29 01:02:01
我只用platon计算过氢键但你输入cif文件时就有偏差,ππ堆积还真不知道,sorry!
10楼2010-06-28 07:47:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaoyangyulv 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +7 喽哈加油 2026-04-13 8/400 2026-04-19 20:21 by Equinoxhua
[考研] 297,工科调剂? +11 河南农业大学-能 2026-04-14 11/550 2026-04-19 20:07 by Equinoxhua
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 13/650 2026-04-19 16:50 by 中豫男
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 297,工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 求调剂学校 +14 不会吃肉 2026-04-13 16/800 2026-04-15 21:59 by noqvsozv
[考研] 一志愿A区211,22408 321求调剂 +6 随心所欲☆ 2026-04-15 7/350 2026-04-15 21:45 by lbsjt
[考研] 297工科调剂? +14 河南农业大学-能 2026-04-13 15/750 2026-04-15 13:25 by 黑科技矿业
[考研] 考研调剂 +13 长弓傲 2026-04-13 14/700 2026-04-14 14:44 by zs92450
信息提示
请填处理意见