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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 基础理论 » 【求助】急！如何使用platon计算包含偏差的氢键
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xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】急！如何使用platon计算包含偏差的氢键 已有5人参与

怎么样用platon计算氢键呢？刚刚学了一下，可是得到了没有偏差呀？应该怎么获得准确的氢键偏差呢？还有platon可以计算pi-pi的距离，可是也没有偏差呀？这个是我刚刚得到的数据：
(Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A    A..H..A* A'..H..A" Sum\(XY,YZ\)  Sum\(XZ\))s
(------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------)s
( 1       1 O1    --H1WA   ..O4     [  2665.01]       0.80       1.96     2.7379        164)s
( 2 Intra 1 O1    --H1WB   ..N5     [         ]       0.87       2.01     2.7610        145)s
( 3       1 N4    --H4     ..O5     [  1565.01]       0.86       1.98     2.8386        177)s
( 4       1 N6    --H6     ..O4     [  1545.01]       0.86       1.96     2.8233        176)s
( )s
( 5       1 C7    --H7     ..O2     [  2666.01]       0.93       2.56     3.3077        137)s
( )s
谢谢帮忙！！
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1楼 2010-06-26 08:04:44
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yunruirui:谢谢交流 2010-06-26 09:17:47
我也遇到过这样的问题，没有的写文章的时候不写好像也没事。
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2楼2010-06-26 09:03:20
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wsht212:谢谢交流，希望常来！ 2010-06-26 13:07:51
帝夫(金币+1): 2010-06-29 01:01:27
diamond里所有的偏差都会出现，你可以用diamond测量下的，
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3楼2010-06-26 11:23:36
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xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)
帝夫:感谢回帖交流！ 2010-06-29 01:01:31
修改意见说让在platon中得到pi-pi的值，还说要有准确的偏差，咋整呀
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4楼2010-06-26 20:30:54
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wsht212:谢谢交流，希望常来！ 2010-06-27 07:51:11
platon输入cif文件就有偏差了！
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5楼2010-06-26 21:36:05
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yunruirui:谢谢交流 2010-06-27 13:56:33
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-26 21:36:05:
platon输入cif文件就有偏差了！

这个不一定吧。
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6楼2010-06-27 09:19:11
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
帝夫:感谢回帖交流！ 2010-06-29 01:01:45
引用回帖:
Originally posted by yy0520yy at 2010-06-27 09:19:11:

这个不一定吧。

你试试就知道了，呵呵！
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7楼2010-06-27 15:16:54
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xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)
帝夫:感谢回帖交流！ 2010-06-29 01:01:50
我试了，还是没有偏差呀，难道需要什么命令么？下面是我刚刚计算得到的，或者是我那里没有操作明白呢？
(Cg\(I\) Res\(I\)   Cg\(J\)  [   ARU\(J\)]       Cg-Cg   Transformed J-Plane P, Q, R, S   Alpha    Beta   Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage)s
( )s
(Cg1    [ 1] -> Cg1    [  2666.01]      5.2113   0.6484-0.1448-0.7474   -3.0743    0.00   48.71   48.71   3.439   3.439   3.915)s
(Cg1    [ 1] -> Cg2    [  2666.01]      4.4657   0.6481-0.1632-0.7438   -3.1546    1.07   39.27   39.26   3.458   3.457)s
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8楼2010-06-27 17:23:53
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xiaoyangyulv

金虫 (小有名气)
帝夫:感谢回帖交流！ 2010-06-29 01:01:56
引用回帖:
Originally posted by 文言文 at 2010-06-27 15:16:54:

你试试就知道了，呵呵！

我试了，还是没有偏差呀，难道需要什么命令么？下面是我刚刚计算得到的，或者是我那里没有操作明白呢？
(Cg\(I\) Res\(I\)   Cg\(J\)  [   ARU\(J\)]       Cg-Cg   Transformed J-Plane P, Q, R, S   Alpha    Beta   Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage)s
( )s
(Cg1    [ 1] -> Cg1    [  2666.01]      5.2113   0.6484-0.1448-0.7474   -3.0743    0.00   48.71   48.71   3.439   3.439   3.915)s
(Cg1    [ 1] -> Cg2    [  2666.01]      4.4657   0.6481-0.1632-0.7438   -3.1546    1.07   39.27   39.26   3.458   3.457)s
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9楼2010-06-27 17:28:27
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
帝夫(金币+1):感谢回帖交流！ 2010-06-29 01:02:01
我只用platon计算过氢键但你输入cif文件时就有偏差，ππ堆积还真不知道，sorry！
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10楼2010-06-28 07:47:31
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