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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】算分子能谱的时候结果全都为负数，是问题引起的？
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tsh8167

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】算分子能谱的时候结果全都为负数，是问题引起的？ 已有4人参与

我在计算双探针体系中的分子能谱的时候，得出的数据是从-9942.9到-5474.78，这是我加入一个硝基后出现的错误。
    但是加另一种氨基和没加侧基团所计算的结果都是正常的。这三种体系都是用同一种方法构建，都用SZP基组进行了优化。
    请问，我的计算是什么地方发生了错误？有哪些原因可以导致上述的错误发生？？
    期待高手指教。

[ Last edited by tsh8167 on 2010-6-28 at 11:29 ]
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1楼 2010-06-24 15:41:57
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tsh8167

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by panjinbo87 at 2010-07-04 06:36:05:
你看下你说的out文件，肯定每个原子上的电子数为0.这是叫做一个什么计算溢出。跟你选取什么基函数等没什么关系。你可以试着优化下结构，再重新算。或者稍微增大分子与电极间的距离（如两边都增大0.1唉）。

out文件：
# Electrodes 0 and 1
# -----------------------------------------------------------------------------
# Index  Element  x (Ang)  y (Ang)  z (Ang)
      0       Au     0.00     0.00     0.00
      1       Au     0.00     1.66     2.35
      2       Au     1.44     0.83     4.71
# -----------------------------------------------------------------------------
# Supercell Vectors
# -----------------------------------------------------------------------------
# Vector number  x (Ang)  y (Ang)  z (Ang)
              0     2.88     0.00     0.00
              1    -1.44     2.50     0.00
              2     0.00     0.00     7.06
# -----------------------------------------------------------------------------
# Two Probe Method
# -----------------------------------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------------------------------
# Basis Set Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Type               = SZP
Radial Sampling dr = 0.001 Bohr
Energy Shift       = 0.01 Rydberg
Delta R(inner)     = 0.8
v0                 = 40 Rydberg
Charge             = 0
Split Norm         = 0.15
Element            = All

# -----------------------------------------------------------------------------
# Exchange Correlation
# -----------------------------------------------------------------------------
Exchange Correlation Type = LDA.PZ

# -----------------------------------------------------------------------------
# ElectronDensityParameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Mesh Cutoff         = 150.00 Rydberg

# -----------------------------------------------------------------------------
# Two Center Integral Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Cutoff           = 2500.0 Rydberg
Number Of Points = 1024

# -----------------------------------------------------------------------------
# Iteration Mixing Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Algorithm                 = Pulay
Diagonal Mixing Parameter = 0.1
Quantity                  = Hamiltonian
History Steps             = 6

# -----------------------------------------------------------------------------
# Iteration Control Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Tolerance  = 1e-005
Criterion  = TotalEnergy
Max. Steps = 100

# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy Contour Integral Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Circle Points           = 30
Integral Lower Bound    = 3 Rydberg
Fermi Function Poles    = 4
Real Axis Infinitesimal = 0.01 eV
Real Axis Point Density = 0.02 eV

# -----------------------------------------------------------------------------
# Electrode Voltages
# -----------------------------------------------------------------------------
Voltage at Electrode 0 = 0.00 V
Voltage at Electrode 1 = 0.00 V

# -----------------------------------------------------------------------------
# TwoProbe Algorithm Parameters
# -----------------------------------------------------------------------------
Electrode Constraint = ElectrodeConstraints.Off
Initial Density Type = InitialDensityType.EquivalentBulk

# sc  0 : q =   -0.00341 e
# sc  1 : q =   -0.00341 e  dRho = 4.2404E-009
# sc  2 : q =   -0.00341 e  Etot = 171607.35005 Ry  dRho = 4.1350E-011
# sc  3 : q =   -0.00341 e  Etot = 171607.35006 Ry  dRho = 3.9736E-010  dEtot = 5.6953E-006 Ry
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy Spectrum
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)
     -9942.95
     -9932.08
     -9930.06
     -9923.08
     -9923.03
     -9917.18
     -9914.21
     -9911.05
     -9908.87
     -9908.56
     -9905.48
     -9903.00
     -9902.30
     -9899.47
     -9897.87
     -9896.94
     -9896.45
     -9895.84
     -9894.46
  **中间部分省略****   
     -6235.33
     -6235.28
     -6235.25
     -6234.25
     -6234.24
     -6234.16
     -5942.77
     -5942.37
     -5936.24
     -5936.10
     -5936.04
     -5935.39
     -5935.31
     -5934.71
     -5919.22
     -5919.20
     -5919.17
     -5918.54
     -5918.48
     -5918.31
     -5918.04
     -5918.03
     -5911.29
     -5911.12
     -5507.89
     -5485.27
     -5485.24
     -5485.07
     -5484.65
     -5484.57
     -5484.55
     -5474.77
     -5474.77
# -----------------------------------------------------------------------------
# Transmission Spectrum
# -----------------------------------------------------------------------------
# Energy (eV)   Coefficient
        -2.00        0.0000
        -1.98        0.0000
        -1.96        0.0000
        -1.94        0.0000
        -1.92        0.0000
        -1.90        0.0000
        -1.88        0.0000
        -1.86        0.0000
        -1.84        0.0000
        -1.82        0.0000
        -1.80        0.0000
        -1.78        0.0000
        -1.76        0.0000
        -1.74        0.0000
        -1.72        0.0000
        -1.70        0.0000
        -1.68        0.0000
        -1.66        0.0000
        -1.64        0.0000
        -1.62        0.0000
        -1.60        0.0000
        -1.58        0.0000
        -1.56        0.0000
        -1.54        0.0000
        -1.52        0.0000
        -1.50        0.0000
        -1.48        0.0000
        -1.46        0.0000
        -1.44        0.0000
        -1.42        0.0000
        -1.40        0.0000
        -1.38        0.0000
        -1.36        0.0000
        -1.34        0.0000
        -1.32        0.0000
        -1.30        0.0000
        -1.28        0.0000
        -1.26        0.0000
        -1.24        0.0000
        -1.22        0.0000
        -1.20        0.0000
        -1.18        0.0000
        -1.16        0.0000
        -1.14        0.0000
        -1.12        0.0000
        -1.10        0.0000
        -1.08        0.0000
        -1.06        0.0000
        -1.04        0.0000
        -1.02        0.0000
        -1.00        0.0000
        -0.98        0.0000
        -0.96        0.0000
        -0.94        0.0000
        -0.92        0.0000
        -0.90        0.0000
        -0.88        0.0000
        -0.86        0.0000
        -0.84        0.0000
        -0.82        0.0000
        -0.80        0.0000
        -0.78        0.0000
        -0.76        0.0000
        -0.74        0.0000
        -0.72        0.0000
        -0.70        0.0000
        -0.68        0.0000
        -0.66        0.0000
        -0.64        0.0000
        -0.62        0.0000
        -0.60        0.0000
        -0.58        0.0000
        -0.56        0.0000
        -0.54        0.0000
        -0.52        0.0000
        -0.50        0.0000
        -0.48        0.0000
        -0.46        0.0000
        -0.44        0.0000
        -0.42        0.0000
        -0.40        0.0000
        -0.38        0.0000
        -0.36        0.0000
        -0.34        0.0000
        -0.32        0.0000
        -0.30        0.0000
        -0.28        0.0000
        -0.26        0.0000
        -0.24        0.0000
        -0.22        0.0000
        -0.20        0.0000
        -0.18        0.0000
        -0.16        0.0000
        -0.14        0.0000
        -0.12        0.0000
        -0.10        0.0000
        -0.08        0.0000
        -0.06        0.0000
        -0.04        0.0000
        -0.02        0.0000
         0.00        0.0000
         0.02        0.0000
         0.04        0.0000
         0.06        0.0000
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         0.20        0.0000
         0.22        0.0000
         0.24        0.0000
         0.26        0.0000
         0.28        0.0000
         0.30        0.0000
         0.32        0.0000
         0.34        0.0000
         0.36        0.0000
         0.38        0.0000
         0.40        0.0000
         0.42        0.0000
         0.44        0.0000
         0.46        0.0000
         0.48        0.0000
         0.50        0.0000
         0.52        0.0000
         0.54        0.0000
         0.56        0.0000
         0.58        0.0000
         0.60        0.0000
         0.62        0.0000
         0.64        0.0000
         0.66        0.0000
         0.68        0.0000
         0.70        0.0000
         0.72        0.0000
         0.74        0.0000
         0.76        0.0000
         0.78        0.0000
         0.80        0.0000
         0.82        0.0000
         0.84        0.0000
         0.86        0.0000
         0.88        0.0000
         0.90        0.0000
         0.92        0.0000
         0.94        0.0000
         0.96        0.0000
         0.98        0.0000
         1.00        0.0000
         1.02        0.0000
         1.04        0.0000
         1.06        0.0000
         1.08        0.0000
         1.10        0.0000
         1.12        0.0000
         1.14        0.0000
         1.16        0.0000
         1.18        0.0000
         1.20        0.0000
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         1.88        0.0000
         1.90        0.0000
         1.92        0.0000
         1.94        0.0000
         1.96        0.0000
         1.98        0.0000
         2.00        0.0000
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9楼2010-07-04 09:41:17
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redhaier

金虫 (小有名气)
★
tsh8167(金币+1): 2010-06-25 09:36:22
qasd(金币+1):谢谢 2010-06-28 20:11:38
what data?DOS?
引用回帖:
Originally posted by tsh8167 at 2010-06-24 15:41:57:
我在计算双探针体系中的分子能谱的时候，得出的数据是从-9942.9到-5474.78，这是我加入一个硝基后出现的错误。
    但是加另一种氨基和没加侧基团所计算的结果都是正常的。这三种体系都是用同一种方法构建，都用 ...

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2楼2010-06-24 17:15:00
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tsh8167

木虫 (小有名气)
是Energy Spectrum
引用回帖:
Originally posted by redhaier at 2010-06-24 17:15:00:
what data?DOS?


[ Last edited by tsh8167 on 2010-6-24 at 17:44 ]
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3楼2010-06-24 17:43:19
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redhaier

金虫 (小有名气)
★
hedaors(金币+1):谢谢交流 2010-06-25 22:47:19
tsh8167(金币+1):谢谢，我试试 2010-06-26 17:31:22
Ok, they should be the same, try to decrease the lower energy bound in the green function
integral contour.
引用回帖:
Originally posted by tsh8167 at 2010-06-24 17:43:19:
是Energy Spectrum


[ Last edited by tsh8167 on 2010-6-24 at 17:44 ]

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4楼2010-06-25 22:41:36
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