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tsh8167木虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】算分子能谱的时候结果全都为负数，是问题引起的？ 已有4人参与
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我在计算双探针体系中的分子能谱的时候，得出的数据是从-9942.9到-5474.78，这是我加入一个硝基后出现的错误。 但是加另一种氨基和没加侧基团所计算的结果都是正常的。这三种体系都是用同一种方法构建，都用SZP基组进行了优化。 请问，我的计算是什么地方发生了错误？有哪些原因可以导致上述的错误发生？？ 期待高手指教。 [ Last edited by tsh8167 on 2010-6-28 at 11:29 ] |
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tsh8167
木虫 (小有名气)
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- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
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out文件： # Electrodes 0 and 1 # ----------------------------------------------------------------------------- # Index Element x (Ang) y (Ang) z (Ang) 0 Au 0.00 0.00 0.00 1 Au 0.00 1.66 2.35 2 Au 1.44 0.83 4.71 # ----------------------------------------------------------------------------- # Supercell Vectors # ----------------------------------------------------------------------------- # Vector number x (Ang) y (Ang) z (Ang) 0 2.88 0.00 0.00 1 -1.44 2.50 0.00 2 0.00 0.00 7.06 # ----------------------------------------------------------------------------- # Two Probe Method # ----------------------------------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------------------------------- # Basis Set Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Type = SZP Radial Sampling dr = 0.001 Bohr Energy Shift = 0.01 Rydberg Delta R(inner) = 0.8 v0 = 40 Rydberg Charge = 0 Split Norm = 0.15 Element = All # ----------------------------------------------------------------------------- # Exchange Correlation # ----------------------------------------------------------------------------- Exchange Correlation Type = LDA.PZ # ----------------------------------------------------------------------------- # ElectronDensityParameters # ----------------------------------------------------------------------------- Mesh Cutoff = 150.00 Rydberg # ----------------------------------------------------------------------------- # Two Center Integral Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Cutoff = 2500.0 Rydberg Number Of Points = 1024 # ----------------------------------------------------------------------------- # Iteration Mixing Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Algorithm = Pulay Diagonal Mixing Parameter = 0.1 Quantity = Hamiltonian History Steps = 6 # ----------------------------------------------------------------------------- # Iteration Control Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Tolerance = 1e-005 Criterion = TotalEnergy Max. Steps = 100 # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy Contour Integral Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Circle Points = 30 Integral Lower Bound = 3 Rydberg Fermi Function Poles = 4 Real Axis Infinitesimal = 0.01 eV Real Axis Point Density = 0.02 eV # ----------------------------------------------------------------------------- # Electrode Voltages # ----------------------------------------------------------------------------- Voltage at Electrode 0 = 0.00 V Voltage at Electrode 1 = 0.00 V # ----------------------------------------------------------------------------- # TwoProbe Algorithm Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Electrode Constraint = ElectrodeConstraints.Off Initial Density Type = InitialDensityType.EquivalentBulk # sc 0 : q = -0.00341 e # sc 1 : q = -0.00341 e dRho = 4.2404E-009 # sc 2 : q = -0.00341 e Etot = 171607.35005 Ry dRho = 4.1350E-011 # sc 3 : q = -0.00341 e Etot = 171607.35006 Ry dRho = 3.9736E-010 dEtot = 5.6953E-006 Ry # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy Spectrum # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy (eV) -9942.95 -9932.08 -9930.06 -9923.08 -9923.03 -9917.18 -9914.21 -9911.05 -9908.87 -9908.56 -9905.48 -9903.00 -9902.30 -9899.47 -9897.87 -9896.94 -9896.45 -9895.84 -9894.46 **中间部分省略**** -6235.33 -6235.28 -6235.25 -6234.25 -6234.24 -6234.16 -5942.77 -5942.37 -5936.24 -5936.10 -5936.04 -5935.39 -5935.31 -5934.71 -5919.22 -5919.20 -5919.17 -5918.54 -5918.48 -5918.31 -5918.04 -5918.03 -5911.29 -5911.12 -5507.89 -5485.27 -5485.24 -5485.07 -5484.65 -5484.57 -5484.55 -5474.77 -5474.77 # ----------------------------------------------------------------------------- # Transmission Spectrum # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy (eV) Coefficient -2.00 0.0000 -1.98 0.0000 -1.96 0.0000 -1.94 0.0000 -1.92 0.0000 -1.90 0.0000 -1.88 0.0000 -1.86 0.0000 -1.84 0.0000 -1.82 0.0000 -1.80 0.0000 -1.78 0.0000 -1.76 0.0000 -1.74 0.0000 -1.72 0.0000 -1.70 0.0000 -1.68 0.0000 -1.66 0.0000 -1.64 0.0000 -1.62 0.0000 -1.60 0.0000 -1.58 0.0000 -1.56 0.0000 -1.54 0.0000 -1.52 0.0000 -1.50 0.0000 -1.48 0.0000 -1.46 0.0000 -1.44 0.0000 -1.42 0.0000 -1.40 0.0000 -1.38 0.0000 -1.36 0.0000 -1.34 0.0000 -1.32 0.0000 -1.30 0.0000 -1.28 0.0000 -1.26 0.0000 -1.24 0.0000 -1.22 0.0000 -1.20 0.0000 -1.18 0.0000 -1.16 0.0000 -1.14 0.0000 -1.12 0.0000 -1.10 0.0000 -1.08 0.0000 -1.06 0.0000 -1.04 0.0000 -1.02 0.0000 -1.00 0.0000 -0.98 0.0000 -0.96 0.0000 -0.94 0.0000 -0.92 0.0000 -0.90 0.0000 -0.88 0.0000 -0.86 0.0000 -0.84 0.0000 -0.82 0.0000 -0.80 0.0000 -0.78 0.0000 -0.76 0.0000 -0.74 0.0000 -0.72 0.0000 -0.70 0.0000 -0.68 0.0000 -0.66 0.0000 -0.64 0.0000 -0.62 0.0000 -0.60 0.0000 -0.58 0.0000 -0.56 0.0000 -0.54 0.0000 -0.52 0.0000 -0.50 0.0000 -0.48 0.0000 -0.46 0.0000 -0.44 0.0000 -0.42 0.0000 -0.40 0.0000 -0.38 0.0000 -0.36 0.0000 -0.34 0.0000 -0.32 0.0000 -0.30 0.0000 -0.28 0.0000 -0.26 0.0000 -0.24 0.0000 -0.22 0.0000 -0.20 0.0000 -0.18 0.0000 -0.16 0.0000 -0.14 0.0000 -0.12 0.0000 -0.10 0.0000 -0.08 0.0000 -0.06 0.0000 -0.04 0.0000 -0.02 0.0000 0.00 0.0000 0.02 0.0000 0.04 0.0000 0.06 0.0000 0.08 0.0000 0.10 0.0000 0.12 0.0000 0.14 0.0000 0.16 0.0000 0.18 0.0000 0.20 0.0000 0.22 0.0000 0.24 0.0000 0.26 0.0000 0.28 0.0000 0.30 0.0000 0.32 0.0000 0.34 0.0000 0.36 0.0000 0.38 0.0000 0.40 0.0000 0.42 0.0000 0.44 0.0000 0.46 0.0000 0.48 0.0000 0.50 0.0000 0.52 0.0000 0.54 0.0000 0.56 0.0000 0.58 0.0000 0.60 0.0000 0.62 0.0000 0.64 0.0000 0.66 0.0000 0.68 0.0000 0.70 0.0000 0.72 0.0000 0.74 0.0000 0.76 0.0000 0.78 0.0000 0.80 0.0000 0.82 0.0000 0.84 0.0000 0.86 0.0000 0.88 0.0000 0.90 0.0000 0.92 0.0000 0.94 0.0000 0.96 0.0000 0.98 0.0000 1.00 0.0000 1.02 0.0000 1.04 0.0000 1.06 0.0000 1.08 0.0000 1.10 0.0000 1.12 0.0000 1.14 0.0000 1.16 0.0000 1.18 0.0000 1.20 0.0000 1.22 0.0000 1.24 0.0000 1.26 0.0000 1.28 0.0000 1.30 0.0000 1.32 0.0000 1.34 0.0000 1.36 0.0000 1.38 0.0000 1.40 0.0000 1.42 0.0000 1.44 0.0000 1.46 0.0000 1.48 0.0000 1.50 0.0000 1.52 0.0000 1.54 0.0000 1.56 0.0000 1.58 0.0000 1.60 0.0000 1.62 0.0000 1.64 0.0000 1.66 0.0000 1.68 0.0000 1.70 0.0000 1.72 0.0000 1.74 0.0000 1.76 0.0000 1.78 0.0000 1.80 0.0000 1.82 0.0000 1.84 0.0000 1.86 0.0000 1.88 0.0000 1.90 0.0000 1.92 0.0000 1.94 0.0000 1.96 0.0000 1.98 0.0000 2.00 0.0000 |
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tsh8167
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