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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】MMPBSA/GBSA
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tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MMPBSA/GBSA 已有4人参与

在计算MMPBSA/MMGBSA的时候运行一会儿就自动断掉
Died at /home/tim/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_calceneent.pm line 662, line 3204.
我的输入文件为：
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
#
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
#
COMPT                 ./complex.prmtop
RECPT                 ./rec.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
#
GC                    0
AS                    0
DC                    0
#
MM                    1
GB                    1
PB                    1
MS                    1
#
NM                    0
这是out文件出现的错误提示：
  Calc MM/GB/SAS
        Generate PDB
        Center PDB
        Calc PBSA
        Generate PQR
        No radius found for 'HO3  3202 in residue lig

请大家帮帮忙，是什么原因啊？
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1楼 2010-06-22 10:52:49
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-05 18:01:22

你的mdcrd文件是不是没有去水和抗衡离子？

这个mdcrd中的水和抗衡离子怎么去啊？
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-07 23:03:42
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zhuzhilin

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-05 18:01:10
很可能是提取的snapshot的文件与prmtop的文件不匹配。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-07-02 17:57:19
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20050355

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-05 18:01:22
你的mdcrd文件是不是没有去水和抗衡离子？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-07-05 17:42:05
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Eroica3139

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-26 14:37:08
在运行提取crd即GC = 1的时候，将受体原子起始设数置为非水非离子的号码就行了。或者在提取前就用ptraj中的strip命令去水去离子
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-07-26 14:05:47
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