应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】MMPBSA/GBSA
51/1返回列表
查看: 1862  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MMPBSA/GBSA 已有4人参与

在计算MMPBSA/MMGBSA的时候运行一会儿就自动断掉
Died at /home/tim/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_calceneent.pm line 662, line 3204.
我的输入文件为：
PREFIX                snapshot
PATH                  ./
#
COMPLEX               1
RECEPTOR              1
LIGAND                1
#
COMPT                 ./complex.prmtop
RECPT                 ./rec.prmtop
LIGPT                 ./lig.prmtop
#
GC                    0
AS                    0
DC                    0
#
MM                    1
GB                    1
PB                    1
MS                    1
#
NM                    0
这是out文件出现的错误提示：
  Calc MM/GB/SAS
        Generate PDB
        Center PDB
        Calc PBSA
        Generate PQR
        No radius found for 'HO3  3202 in residue lig

请大家帮帮忙，是什么原因啊？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-06-22 10:52:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuzhilin

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-05 18:01:10
很可能是提取的snapshot的文件与prmtop的文件不匹配。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-07-02 17:57:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

20050355

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-05 18:01:22
你的mdcrd文件是不是没有去水和抗衡离子？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-07-05 17:42:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-05 18:01:22

你的mdcrd文件是不是没有去水和抗衡离子？

这个mdcrd中的水和抗衡离子怎么去啊？
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-07 23:03:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Eroica3139

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-26 14:37:08
在运行提取crd即GC = 1的时候，将受体原子起始设数置为非水非离子的号码就行了。或者在提取前就用ptraj中的strip命令去水去离子
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-07-26 14:05:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tingjun 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +4 手机用户 2026-03-17 4/200 2026-03-18 09:30 by b不易
[考研] 311求调剂 +10 冬十三 2026-03-15 11/550 2026-03-18 09:04 by zhukairuo
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 281求调剂（0805） +3 烟汐忆海 2026-03-16 9/450 2026-03-18 07:23 by 烟汐忆海
[考研] 296求调剂 +5 大口吃饭 身体健 2026-03-13 5/250 2026-03-17 21:05 by 不惑可乐
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:27 by Little-xue
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 293求调剂 +6 世界首富 2026-03-11 6/300 2026-03-17 17:04 by ruiyingmiao
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭