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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】structure-based alignment
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pitty595

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】structure-based alignment 已有5人参与


如图，要做出这样的氨基酸多序列比对，并标有二级结构信息，需要用什么工具呢？怎么做？有谁知道吗？谢谢！
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1楼 2010-06-20 21:11:17
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yaohw

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-06-21 12:30:14
上这个网站，http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/
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2楼2010-06-21 12:25:24
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pitty595

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yaohw at 2010-06-21 12:25:24:
上这个网站，http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/

谢谢你哦，不错的网站。
但是好像用不了啊，要注册，需要邮寄，好复杂啊？你用过吗？可否介绍下。

[ Last edited by pitty595 on 2010-6-21 at 21:03 ]
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3楼2010-06-21 20:43:07
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yaohw

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可以在线用的，网站上的说明其实挺清楚的。当然也可以直接下载，不用注册和邮寄。在线用是这样的，点击黄色字体Execute，上传相应格式的序列比对文件，上传需要的结构文件，输出格式根据自己需要是可以调的。这是最基本的用法，可以满足大多情况，还有更多的功能，根据自己需要去看DOC，里面有manual，tutorial等。希望对你有用。
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4楼2010-06-22 12:56:58
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pitty595

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yaohw at 2010-06-22 12:56:58:
可以在线用的，网站上的说明其实挺清楚的。当然也可以直接下载，不用注册和邮寄。在线用是这样的，点击黄色字体Execute，上传相应格式的序列比对文件，上传需要的结构文件，输出格式根据自己需要是可以调的。这是 ...

不错！就是一定要知道结构了？如果没有相关的结构报道的话，就不可以用了？
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5楼2010-06-23 14:22:24
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
expasy，里面的很多软件都可以，你自己选吧。
http://www.expasy.ch/
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6楼2010-06-23 15:14:30
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chaoen

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个软件做出来的图片很漂亮，但是怎么把二级结构放在其中。我选择了要分析的PDB和chainA，但是每次都是出错，有没有用过这个软件朋友？多谢！
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7楼2013-07-13 03:57:39
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乐乐3952

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by chaoen at 2013-07-13 03:57:39
这个软件做出来的图片很漂亮，但是怎么把二级结构放在其中。我选择了要分析的PDB和chainA，但是每次都是出错，有没有用过这个软件朋友？多谢！

现在在用，一直也是出错……不知你是否解决？
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一花一世界、一叶一菩提
8楼2014-08-22 16:42:34
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