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pitty595

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】structure-based alignment 已有5人参与


如图,要做出这样的氨基酸多序列比对,并标有二级结构信息,需要用什么工具呢?怎么做?有谁知道吗?谢谢!
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yaohw

新虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-06-21 12:30:14
2楼2010-06-21 12:25:24
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pitty595

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yaohw at 2010-06-21 12:25:24:
上这个网站,http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/

谢谢你哦,不错的网站。
但是好像用不了啊,要注册,需要邮寄,好复杂啊?你用过吗?可否介绍下。

[ Last edited by pitty595 on 2010-6-21 at 21:03 ]
3楼2010-06-21 20:43:07
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yaohw

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
可以在线用的,网站上的说明其实挺清楚的。当然也可以直接下载,不用注册和邮寄。在线用是这样的,点击黄色字体Execute,上传相应格式的序列比对文件,上传需要的结构文件,输出格式根据自己需要是可以调的。这是最基本的用法,可以满足大多情况,还有更多的功能,根据自己需要去看DOC,里面有manual,tutorial等。希望对你有用。
4楼2010-06-22 12:56:58
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pitty595

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yaohw at 2010-06-22 12:56:58:
可以在线用的,网站上的说明其实挺清楚的。当然也可以直接下载,不用注册和邮寄。在线用是这样的,点击黄色字体Execute,上传相应格式的序列比对文件,上传需要的结构文件,输出格式根据自己需要是可以调的。这是 ...

不错!就是一定要知道结构了?如果没有相关的结构报道的话,就不可以用了?
5楼2010-06-23 14:22:24
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zemin_fang

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
expasy,里面的很多软件都可以,你自己选吧。
http://www.expasy.ch/
6楼2010-06-23 15:14:30
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chaoen

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个软件做出来的图片很漂亮,但是怎么把二级结构放在其中。我选择了要分析的PDB和chainA,但是每次都是出错,有没有用过这个软件朋友?多谢!
7楼2013-07-13 03:57:39
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乐乐3952

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by chaoen at 2013-07-13 03:57:39
这个软件做出来的图片很漂亮,但是怎么把二级结构放在其中。我选择了要分析的PDB和chainA,但是每次都是出错,有没有用过这个软件朋友?多谢!

现在在用,一直也是出错……不知你是否解决?
一花一世界、一叶一菩提
8楼2014-08-22 16:42:34
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