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amo11000金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助/交流】有谁有查找蛋白质序列的氨基酸重复的软件或能帮忙设计一个这样的软件？ 已有2人参与
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有三条FASTA格式的蛋白质序列， >sp|Q8JIV9|AGGA1_AGKAC Agglucetin subunit alpha-1 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1 MGRFIFVSFGLLLLLLVVFLSLSGTGADVDCLPGWSAYDQSCYRVFKLLKTWDDAEKFCTERPK GGHLVSIESAGERDFVAQLVSENKQTDNVWLGLKIQSKGQQCSTEWTDGSSVSYENFSEY QSKKCFVLEKNTGFRTWLNLNCGSEYAFVCKSPPRTRTRTRTRT >sp|Q8AYA5|AGGA2_AGKAC Agglucetin subunit alpha-2 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1 MGRFIFVSFGLLVVFLSLSGTGADFNCPPGWSAYDQYCYQVIKEPKNWDDAERFCTEQAD GGHLVSIESKGERDFVAQLVSQNIESVEDHVWTGLRVQNKEKQCSTEWSDGSSVSYENLL ELYMRKCGALERETGFHKWINLGCIQLNPFVCKFPPQCPPQCPPQCPPQC >sp|Q9I841|AGGA_AGKRH Rhodocytin subunit alpha OS=Agkistrodon rhodostoma PE=1 SV=1 GLEDCDFGWSPYDQHCYQGLEGLEGLEGLEAFNEQKTWDEAEKFCRAQENGAHLASIESNGEADFVSWLISQKDELADEDYVWIGLRAQNKEQQCSSEWSDGSSVSYENLIDLHTKKCGALEKLTGFRKWVN YYCEQMHAFVCKLLPY 现想查找其中氨基酸重复，例如LLLLLL, LVCLVCLVC，一共有20种氨基酸，所有这一类的串联的重复都要被找到，请问谁能帮忙设计一个这样的软件。 |
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2楼2010-06-21 11:53:52
amo11000
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3楼2010-06-24 09:34:17