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【请教】请教一下关于空间群的问题.已有7人参与
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我有一个晶体, 晶胞参数有两个接近90度, 但只是接近,其中的一个是87度多, 程序默认是三斜, P-1空间群. 按此解出的结构中有两个分子. 晶胞PACK后,一个晶胞里面有四个分子, 那么这样Z值是不是应该为2? 但是CHECK的时候, 系统给出的是Z=4, 也没有提示有空间群的错误. 是网上的CHECK不能够辨认2个分子为一个单位?还是暗示我的空间群定得有问题? 另外有人建议我按单斜解, 就是把那两个接近90度的当成90度. 这样程序给P21/C空间群. 按此也能解出结构, 为一个分子. 但是按此空间群解的时候Rint值很大, 达到0.233. 里面有一些原子温度因子很大. 我的数据不好, 两者解出来的R值都很大, R1有0.14, 我应该如何确定我的空间群(PLATON对两个空间群都没有提示需要改变). [ Last edited by triiawypm on 2010-6-25 at 09:40 ] |
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xiao沐蟲
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2楼2010-06-11 19:00:46
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triiawypm(金币+10):非常感谢. 不是手性空间群也会出现absolute structure的那个问题吗?Flack参数在什么位置可以看到? 2010-06-11 22:46:04
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来！ 2010-06-11 22:52:30
triiawypm(金币+10):非常感谢. 不是手性空间群也会出现absolute structure的那个问题吗?Flack参数在什么位置可以看到? 2010-06-11 22:46:04
wsht212(金币+1):谢谢交流，希望常来！ 2010-06-11 22:52:30
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精修的过程当中出现提示: absolute structure probaly wrong: invert and repeat refinement , 可以试试 MOVE 1 1 1 -1。Flack参数一般只有手性空间群才有。 XP里面是不是没有删掉某个键的命令是undo 加原子名称 ins文件中原子个数应该包括溶剂 |
5楼2010-06-11 22:19:44
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bamboo1109
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7楼2010-06-12 08:16:29
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triiawypm(金币+8):谢谢, 还有一些问题. 2010-06-12 10:44:20
wsht212(金币+4):谢谢交流，希望常来！ 2010-06-12 13:20:22
triiawypm(金币+8):谢谢, 还有一些问题. 2010-06-12 10:44:20
wsht212(金币+4):谢谢交流，希望常来！ 2010-06-12 13:20:22
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1. 配位的茂环是不是不能用XSHELL加氢?因为上面显示了三个键了.我只会用XP 照理来说是应该可以的，但是有的时候也许你的环不好，所以不能理论加上去？这个时候可以限制一下环，然后再进行理论加氢，可能会好一点。 2. 精修的过程当中出现提示: absolute structure probaly wrong: invert and repeat refinement , 这意味着是手性空间群吗?这里面涉及到什么Flack参数吗?从哪里能找到它? 楼上已经有人解答这个问题了，就不赘述了，flack参数在cif文件中可以看到。 3. 我的化合物里面有一分子的THF, 如何能确定哪个是O啊? 看着键长一点儿都没有规律呢. 键长没有规律时，可以仔细观察温度因子，异常的温度因子会反映很多问题，譬如温度因子过小可以考虑此处的原子应该是一个更重的原子，反之亦然。 4. 通过原子坐标能看出某个原子是否已经进行过各向异性精修吗? 如何对所有的非氢原子进行各向异性精修(通过改INS的方式), anis后面加啥东西? 是说ins文件中的坐标吗？打开ins文件后，坐标后面的11.0000后面如果只有一个数字，那还没有做各向异性，如果有6个数字，就说明做了。对非氢原子做我想可以用anis $O $C $N。。。等。 以上仅供参考。。。 |
8楼2010-06-12 09:40:50
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帝夫(金币+2):谢谢回帖交流~ 2010-06-12 17:13:24
帝夫(金币+2):谢谢回帖交流~ 2010-06-12 17:13:24
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1. XSHELL里面, 茂环的每个原子都与金属有连接链, 这样每原子也就是已经存在三个键了. 在hybridize all 之后, 程序自动认定为SP3的C, 这样如果加氢那就位置不对了啊.如果手动改成SP2的话,那三个键就已经满了, 要如何加呢? 2. absolute structure probaly wrong: invert and repeat refinement , 这意味着是手性空间群吗? 3. 最后一行应该是温度因子.帮忙看一下我定的是不是对呢? 好像都挺大的. C105 --- C 0.087 0.118 0.836 sp3 0 0.178 C100 --- C 0.095 0.258 0.764 sp3 0 0.077 O4 --- O 0.113 0.151 0.795 sp3 0 0.139 C103 --- C 0.076 0.333 0.818 sp3 0 0.179 C102 --- C 0.062 0.214 0.861 sp3 0 0.148 4. P2 4 0.82841 0.26287 0.22987 11.00000 0.01921 0.02084 = 0.02339 0.00022 -0.00075 0.00058 这个就是后面有六个数字,已经修过了呗? |
9楼2010-06-12 10:53:00
| 顶一下. |
10楼2010-06-12 16:15:20