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【请教】请教一下关于空间群的问题.已有7人参与
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我有一个晶体, 晶胞参数有两个接近90度, 但只是接近,其中的一个是87度多, 程序默认是三斜, P-1空间群. 按此解出的结构中有两个分子. 晶胞PACK后,一个晶胞里面有四个分子, 那么这样Z值是不是应该为2? 但是CHECK的时候, 系统给出的是Z=4, 也没有提示有空间群的错误. 是网上的CHECK不能够辨认2个分子为一个单位?还是暗示我的空间群定得有问题? 另外有人建议我按单斜解, 就是把那两个接近90度的当成90度. 这样程序给P21/C空间群. 按此也能解出结构, 为一个分子. 但是按此空间群解的时候Rint值很大, 达到0.233. 里面有一些原子温度因子很大. 我的数据不好, 两者解出来的R值都很大, R1有0.14, 我应该如何确定我的空间群(PLATON对两个空间群都没有提示需要改变). [ Last edited by triiawypm on 2010-6-25 at 09:40 ] |
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| 顶一下. |
3楼2010-06-11 19:59:20
4楼2010-06-11 21:21:55
6楼2010-06-11 22:51:34
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帝夫(金币+2):谢谢回帖交流~ 2010-06-12 17:13:24
帝夫(金币+2):谢谢回帖交流~ 2010-06-12 17:13:24
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1. XSHELL里面, 茂环的每个原子都与金属有连接链, 这样每原子也就是已经存在三个键了. 在hybridize all 之后, 程序自动认定为SP3的C, 这样如果加氢那就位置不对了啊.如果手动改成SP2的话,那三个键就已经满了, 要如何加呢? 2. absolute structure probaly wrong: invert and repeat refinement , 这意味着是手性空间群吗? 3. 最后一行应该是温度因子.帮忙看一下我定的是不是对呢? 好像都挺大的. C105 --- C 0.087 0.118 0.836 sp3 0 0.178 C100 --- C 0.095 0.258 0.764 sp3 0 0.077 O4 --- O 0.113 0.151 0.795 sp3 0 0.139 C103 --- C 0.076 0.333 0.818 sp3 0 0.179 C102 --- C 0.062 0.214 0.861 sp3 0 0.148 4. P2 4 0.82841 0.26287 0.22987 11.00000 0.01921 0.02084 = 0.02339 0.00022 -0.00075 0.00058 这个就是后面有六个数字,已经修过了呗? |
9楼2010-06-12 10:53:00
| 顶一下. |
10楼2010-06-12 16:15:20
| 顶一下. |
11楼2010-06-25 09:40:49
14楼2010-06-25 10:17:43
16楼2010-06-25 10:25:45
17楼2010-06-25 10:27:13