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penta8165

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】对称分子如何完美构建已有6人参与

请教各位高手:

1.这个分子是Cs对称还是C2对称?
2.我用chemdraw画好后,在gv中不能很好地显示其对称性(very loose也没用),尤其是苯环上取代基复杂的时候。能否有比较简便的软件或技巧来构建?
3.目前根据某种点群对称来构建分子式的软件有哪些?

我可能钻牛角尖了,想构建出一个对称的初始结构。谢谢!
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
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heyo_123(金币+1):鼓励交流!! 2010-06-12 10:54:08
Cs和C2应该都存在, C2v有点悬
因为都只是sigma键在旋转, 能量相差不大, 室温下两种都有一定几率

大的分子对称性不好调, 可以先从五元环开始, 逐步加外侧的基团
边加边调对称性
9楼2010-06-10 21:47:33
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
heyo_123(金币+5):鼓励交流!! 2010-06-12 10:55:12
如果五元环下面有两个双键, 假定是个平面的话, 问题也十分复杂
亚甲基两侧的二面角都可以自由旋转, 如果12度一个构象的话
共需分析10^4种, 也即10000种构象, 考虑到对称也有近5000种
每种都会以一定概率存在
系统解答这个问题需要metadynamics 或构象分析吧

如果5元环不共面, 问题更加复杂

推荐一篇文献
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp100950w

[ Last edited by bay__gulf on 2010-6-10 at 21:56 ]
11楼2010-06-10 21:54:37
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