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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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mengfc

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】BSSE请教已有3人参与

第一次接触BSSE,请问如果我用MP2/6-311++G(d,p)//b3lyp/6-31+g**进行计算是否需要进行校正?计算内容是能量及一些几何参数。看论坛帖子上说优化完再用counterpoise校正,此时输入文件怎么写呢?
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LuPeng5366

新虫 (著名写手)

牛牛

★ ★
heyo_123(金币+2):鼓励交流!! 2010-06-07 11:18:50
mengfc(金币+3):谢谢~但为什么是用用#MP2/6-31G 这个泛函和基组呢?该如何选取? 2010-06-07 16:03:23
平衡计算的输入。这个例子使用Z-矩阵(左边)和笛卡尔坐标(右边):  


# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt

Counterpoise with Z-matrix

0,1,0,3,1,2
O,0.0,0.0,0.0,1                结构从这里开始
O,1,ROO,2
X,1,1.,2,X3O
H,1,RO1H,3,HOX3,2,90.,0,1
H,1,RO1H,3,HOX3,2,-90.,0,1
X,2,1.,1,52.5,3,180.,0
H,2,RO2H1,6,H7OX,1,180.,0,2
H,2,RO2H2,6,H8OX,1,0.,0,2

Z-矩阵变量...


# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt

Counterpoise with Cartesian

0,1
1  0.00  0.00  0.92  1
9  0.17  0.00  2.73  2
1  0.77  0.00  3.43  2
9  0.00  0.00  0.00  1


注意,Z-矩阵输入数据需要在二面角数值/变量之后要有一个0(表示最后的角是二面
角),然后才是片段编号。另外,Z-矩阵的第一个原子必须用笛卡尔坐标。对于这样的任务,
显然用笛卡尔坐标定义片段编号更简单。
前面的Z-矩阵也描述指定片段使用的电荷与自旋多重度。在这个例子中,相应输入行的
格式是:  

- 66 -





总电荷, 总自旋, 片段1的电荷, 片段1的自旋多重度, 片段2的电荷, 片段2的自旋多重度

使用ECP的平衡优化例子:

# hf/lanl2dz counterpoise=2 nosymm opt test

HBr + HF, optimization with counterpoise correction using ECP basis

0 1
H   -0.046866  0.   0.586860   1
Br  -0.331864  0.  -0.801000   1
F    0.396755  0.   2.739275   2
H    0.584835  0.   3.641534   2


平衡计算的输出。这里是Counterpoise计算输出的例子:

Counterpoise: corrected energy =   -2660.083831739527
Counterpoise: BSSE energy =       0.003902746890

这几行分别给出修正能量和基组重迭误差。
自信,坚强,勇敢。
2楼2010-06-07 10:50:17
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

★ ★
heyo_123(金币+2):鼓励交流 2010-06-07 11:19:06
mengfc(金币+3):是不是如果我的体系内有远程相互作用就要校正? 2010-06-07 16:02:00
单个分子不用校正,复合物需要校正。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
3楼2010-06-07 11:03:12
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

mengfc(金币+3):谢谢,我现在计算的是团簇,只含一种原子,不知道如何用counterpoise分层,请指教~ 2010-06-07 21:36:10
引用回帖:
Originally posted by mengfc at 2010-06-07 07:23:36:
第一次接触BSSE,请问如果我用MP2/6-311++G(d,p)//b3lyp/6-31+g**进行计算是否需要进行校正?计算内容是能量及一些几何参数。看论坛帖子上说优化完再用counterpoise校正,此时输入文件怎么写呢?

只要是2个分子的复合物都要矫正,要是你用CCSD(T),QCISD之类的方法加大机组的话不矫正也成
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
4楼2010-06-07 16:22:20
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


mengfc(金币+3):谢谢专家指教,我现在计算的是团簇,只含一种原子,不知道如何用counterpoise分层,请赐教~ 2010-06-07 21:36:46
除非大基组,如果比较分子构象能量差,严格来讲也应当进行BSSE校正,哪怕是乙烷旋转势垒的问题。计算柔性分子的不同极端构象能量差更需要考虑这一点。实际上计算单个刚性分子的能量都有原子BSSE的问题,在计算不同异构体能量差的时候会造成极微弱的不公平。
5楼2010-06-07 17:36:08
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