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【求助】CoMFA: 化合物放不进数据库怎么办啊？？ 已有7人参与
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做CoMFA之前要把所有的小分子化合物的三维结构画出来，然后放在同一个数据库中，再做叠合。 在画小分子的三维结构时，确定了一个化合物为模板，然后再在这个化合物的基础上得到其他化合物的结构。 我的问题是： 在画模板结构的时候刚开始我没命名，默认名称为benzene,保存的时候修改了名称。当我在模板的基础上得到所有化合物的结构要创建小分子数据库的时候，发现在数据库中所有化合物的默认名称都为benzene，根本就没法将所有的化合物放进数据库中，老是提示keep or replace。遇到这种情况我该怎么办啊？我想把所有化合物直接copy到数据库文件夹下，但是在叠合时，指定化合物数据库时老是提示该数据库为空。 之前为了避免这种情况，就试着把所有的化合物单独画出来，但是优化后叠合发现效果很不好。所以只能是确定模板，并在模板的基础上得到所有化合物的三维结构。 麻烦大家帮忙指点一下，万分感谢！！ [ Last edited by 一步一步 on 2010-6-7 at 09:58 ] |
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chemozhang
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15楼2011-09-05 20:15:43
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一步一步(金币+3): 2010-06-10 08:51:28
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-10 09:10:39
一步一步(金币+3): 2010-06-10 08:51:28
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-10 09:10:39
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“当我在模板的基础上得到所有化合物的结构要创建小分子数据库的时候，发现在数据库中所有化合物的默认名称都为benzene” 楼主在模板的基础上创建其余小分子时命名后，保存了吗？ 有一种方法可以解决你的问题，但是比较麻烦。将所有的小分子复制粘贴到新建好的数据库中，时在复制粘贴，不是在sybyl中操作。然后，进入到新建好的数据库中，启动sybyl，在open中读入小分子，再一个一个的改名字。 写了这么多，不知道你明白没？如不明白，再联系我吧。575803860 |
2楼2010-06-09 21:35:48
3楼2010-06-10 08:53:46
4楼2010-06-11 09:46:02