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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】关于Gromacs里建立金属模型
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wujiangjie

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】关于Gromacs里建立金属模型 已有4人参与

各位大虾，请问有人在Gromacs里面建立金属颗粒的模型吗？Gromacs里面没有那个立场，自己手动加入，那么如何建立这个模型呢？以及如何加入真空层？谢谢
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1楼 2010-05-27 09:18:24
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
是不是遇到贵金属Au，Ag体系等，大家一般都不用Gromacs了？
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2楼2010-05-27 09:34:38
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-27 13:22:18
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-05-27 09:18:24:
各位大虾，请问有人在Gromacs里面建立金属颗粒的模型吗？Gromacs里面没有那个立场，自己手动加入，那么如何建立这个模型呢？以及如何加入真空层？谢谢

gromacs干这个貌似确实不怎么好
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
3楼2010-05-27 12:00:29
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qasd

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 08:29:02
貌似要用势表，gromacs那些势函数对金属都不怎么适用
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4楼2010-05-27 20:52:48
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子陵263

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 08:29:14
不用Gromacs用什么，用AMBER吗 或者NAMD
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5楼2010-05-28 08:25:52
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wujiangjie

木虫 (正式写手)
那如果我自己添加金属势能参数呢？原则上是不是只要有立场就可以使用了
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6楼2010-05-29 10:06:50
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