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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】hyperchem模拟的问题
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zhoujuanlvluo

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】hyperchem模拟的问题 已有3人参与

选中分子后，“Setup”里面选折"Semi-empirical"，选折“PM3”。Compute里面选“Geometry optimizaition”，RMS gradient = 0.1; maximum cycles = 10
但是模拟最简单的苯环体系的时候都出现了“苯环严重变形扭曲”，感觉明显不对，请高手指教
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1楼 2010-05-24 23:20:21
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-25 10:02:42
你要检查要最初始结构的苯环是否正确，尤其是你用别的工具画的结构导入Hyperchem的时候，导致结构识别不正确，最好先用MM稍微跑下，这样可以让系统正确识别结构。
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2楼2010-05-25 09:05:35
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童心

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-25 10:02:51
当然，最佳办法是用hyperchem自己画结构，不过我一般用chemdraw保存为mol2
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3楼2010-05-25 09:06:28
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zhoujuanlvluo

银虫 (小有名气)
我也是采用的chemdraw画的，保存为mol格式，然后导入hyperchem的。模拟设置有什么地方需要注意的吗？
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4楼2010-05-25 12:12:42
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chongchong11

至尊木虫 (著名写手)

Senior Engineer
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-25 19:00:56
采用CHEMDRAW画好后先用MM跑一下，保存为MOL然后再在HYPERCHEM中用你说的方法弄。
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Nature+Science=Wisdom
5楼2010-05-25 18:48:39
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zhoujuanlvluo

银虫 (小有名气)
谢谢了。刚开始用，哈哈，还有好多都不太会
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6楼2010-05-25 22:10:25
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