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bhcsmay

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】哪位大侠用过onetep优化结构? 已有3人参与

我建立了一个半导体氧化物薄膜,该晶胞大约有300个原子,服务器足够大,用onetep模块优化将近十二个小时status至今一步也没有跳出来,请问可能是什么原因呢?我们实验室以前有人也做过类似的试验,但是都是onetep优化晶胞没有成功,但是计算能量计算体系及速度都惊人......

[ Last edited by bhcsmay on 2010-5-21 at 08:48 ]
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bhcsmay

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by bhcsmay at 2010-05-21 08:23:18:
我建立了一个半导体氧化物薄膜,该晶胞大约有300个原子,服务器足够大,用onetep模块优化将近十二个小时status至今一步也没有跳出来,请问可能是什么原因呢?我们实验室以前有人也做过类似的试验,但是都是onetep ...

没人理自己顶一下吧,期待大家的回复哦....
2楼2010-05-21 14:32:59
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薛金祥

金虫 (小有名气)

会不会是模型建立错了啊
3楼2010-05-21 14:37:38
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bhcsmay

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 薛金祥 at 2010-05-21 14:37:38:
会不会是模型建立错了啊

不会是模型问题啊,dmol可以优化的就是太慢了,所以想到用onetep试试呢...
4楼2010-05-21 14:44:58
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★
bhcsmay(金币+1):谢谢回复!这个可能性我也想到过,但是被排除了...... 2010-05-21 18:59:12
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流! 2010-05-21 20:17:34
有时候status一直到计算结束也不出来,这个应该不是问题。
可以访问服务器查看下当前任务已经得到的结果文件,就知道运行到什么状态了
5楼2010-05-21 17:46:19
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bhcsmay

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by acridine at 2010-05-21 17:46:19:
有时候status一直到计算结束也不出来,这个应该不是问题。
可以访问服务器查看下当前任务已经得到的结果文件,就知道运行到什么状态了

这个我也检查了,也是没有运行步数,
所以感到很苦恼,
按理说onetep能计算的性质很少,只有TDOS和电荷分析,
那么它作为一个模块存在的优势不外乎是与dmol3相比能够计算更大的体系,
可是现在它的结构优化却很难实现,不知道是什么原因......
6楼2010-05-21 18:58:11
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★
bhcsmay(金币+2):谢谢耐心回复! 2010-05-21 20:11:03
gavinliu7390(金币+2):谢谢解答! 2010-05-21 20:17:45
引用回帖:
Originally posted by bhcsmay at 2010-05-21 18:58:11:

这个我也检查了,也是没有运行步数,
所以感到很苦恼,
按理说onetep能计算的性质很少,只有TDOS和电荷分析,
那么它作为一个模块存在的优势不外乎是与dmol3相比能够计算更大的体系,
可是现在它的结构优化 ...

确实没咋用过onetep
现在的情况是:12个小时的计算之后几何优化没有走一步(即scf迭代完成一次收敛),还是说连一步简单scf计算也没有走?
如果只是优化的没有完成还有可能是参数设置的问题;如果这么长时间内一直在计算,却连一个scf步骤也没有完成,那说明这个计算量确实是太大。
但楼主说dmol都可以优化,难道是onetep比dmol慢?以前曾经试验过,对于小体系的计算,确实onetep比dmol要慢很多,但考虑到它特点是计算量随着模型大小是O(N)增加的,我当时还以为对于大体系onetep的速度会超过dmol。没想到在300个原子的时候仍是dmol快?若是这样,考虑到onetep所能计算的性质又很少,意义不大啊。
一直觉得现在的onetep模块就是个半成品,希望以后的版本能提升吧。
7楼2010-05-21 19:51:38
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bhcsmay

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by acridine at 2010-05-21 19:51:38:

确实没咋用过onetep
现在的情况是:12个小时的计算之后几何优化没有走一步(即scf迭代完成一次收敛),还是说连一步简单scf计算也没有走?
如果只是优化的没有完成还有可能是参数设置的问题;如果这么长时间内 ...

嗯,scf计算也没有走,dmol确实是可以算的,但是太慢了,所以我想到先用onetep优化一下结构,可结果就是这样,我现在的猜测也是体系不够大,onetep的优点体现不出来,但是再大的体系回头计算性质又有问题了,onetep大部分性质计算不了,超过300个原子dmol也无法计算了,那么我优化了也没有多大意义,唉,这个模块看来就是个鸡肋呀......
8楼2010-05-21 20:10:45
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whl0318

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1086386楼: Originally posted by bhcsmay at 2010-05-21 20:10:45:
嗯,scf计算也没有走,dmol确实是可以算的,但是太慢了,所以我想到先用onetep优化一下结构,可结果就是这样,我现在的猜测也是体系不够大,onetep的优点体现不出来,但是再大的体系回头计算性质又有问题了,on ...

onetep就是一款计算原子数目大于500的大体系,我再在尝试弄
9楼2012-04-25 16:05:51
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