应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】哪位大侠用过onetep优化结构？
91/1返回列表
查看: 1034  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

bhcsmay

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】哪位大侠用过onetep优化结构？ 已有3人参与

我建立了一个半导体氧化物薄膜，该晶胞大约有300个原子，服务器足够大，用onetep模块优化将近十二个小时status至今一步也没有跳出来，请问可能是什么原因呢？我们实验室以前有人也做过类似的试验，但是都是onetep优化晶胞没有成功，但是计算能量计算体系及速度都惊人......

[ Last edited by bhcsmay on 2010-5-21 at 08:48 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-05-21 08:23:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bhcsmay

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bhcsmay at 2010-05-21 08:23:18:
我建立了一个半导体氧化物薄膜，该晶胞大约有300个原子，服务器足够大，用onetep模块优化将近十二个小时status至今一步也没有跳出来，请问可能是什么原因呢？我们实验室以前有人也做过类似的试验，但是都是onetep ...

没人理自己顶一下吧，期待大家的回复哦....
赞一下 回复此楼
2楼2010-05-21 14:32:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

薛金祥

金虫 (小有名气)
会不会是模型建立错了啊
赞一下 回复此楼
3楼2010-05-21 14:37:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bhcsmay

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 薛金祥 at 2010-05-21 14:37:38:
会不会是模型建立错了啊

不会是模型问题啊，dmol可以优化的就是太慢了，所以想到用onetep试试呢...
赞一下 回复此楼
4楼2010-05-21 14:44:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
bhcsmay(金币+1):谢谢回复!这个可能性我也想到过，但是被排除了...... 2010-05-21 18:59:12
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流！ 2010-05-21 20:17:34
有时候status一直到计算结束也不出来，这个应该不是问题。
可以访问服务器查看下当前任务已经得到的结果文件，就知道运行到什么状态了
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-05-21 17:46:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bhcsmay

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2010-05-21 17:46:19:
有时候status一直到计算结束也不出来，这个应该不是问题。
可以访问服务器查看下当前任务已经得到的结果文件，就知道运行到什么状态了

这个我也检查了，也是没有运行步数，
所以感到很苦恼，
按理说onetep能计算的性质很少，只有TDOS和电荷分析，
那么它作为一个模块存在的优势不外乎是与dmol3相比能够计算更大的体系，
可是现在它的结构优化却很难实现，不知道是什么原因......
赞一下 回复此楼
6楼2010-05-21 18:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
bhcsmay(金币+2):谢谢耐心回复！ 2010-05-21 20:11:03
gavinliu7390(金币+2):谢谢解答！ 2010-05-21 20:17:45
引用回帖:
Originally posted by bhcsmay at 2010-05-21 18:58:11:

这个我也检查了，也是没有运行步数，
所以感到很苦恼，
按理说onetep能计算的性质很少，只有TDOS和电荷分析，
那么它作为一个模块存在的优势不外乎是与dmol3相比能够计算更大的体系，
可是现在它的结构优化 ...

确实没咋用过onetep
现在的情况是：12个小时的计算之后几何优化没有走一步（即scf迭代完成一次收敛），还是说连一步简单scf计算也没有走？
如果只是优化的没有完成还有可能是参数设置的问题；如果这么长时间内一直在计算，却连一个scf步骤也没有完成，那说明这个计算量确实是太大。
但楼主说dmol都可以优化，难道是onetep比dmol慢？以前曾经试验过，对于小体系的计算，确实onetep比dmol要慢很多，但考虑到它特点是计算量随着模型大小是O(N)增加的，我当时还以为对于大体系onetep的速度会超过dmol。没想到在300个原子的时候仍是dmol快？若是这样，考虑到onetep所能计算的性质又很少，意义不大啊。
一直觉得现在的onetep模块就是个半成品，希望以后的版本能提升吧。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-05-21 19:51:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bhcsmay

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2010-05-21 19:51:38:

确实没咋用过onetep
现在的情况是：12个小时的计算之后几何优化没有走一步（即scf迭代完成一次收敛），还是说连一步简单scf计算也没有走？
如果只是优化的没有完成还有可能是参数设置的问题；如果这么长时间内 ...

嗯，scf计算也没有走，dmol确实是可以算的，但是太慢了，所以我想到先用onetep优化一下结构，可结果就是这样，我现在的猜测也是体系不够大，onetep的优点体现不出来，但是再大的体系回头计算性质又有问题了，onetep大部分性质计算不了，超过300个原子dmol也无法计算了，那么我优化了也没有多大意义，唉，这个模块看来就是个鸡肋呀......
赞一下 回复此楼
8楼2010-05-21 20:10:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl0318

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1086386楼: Originally posted by bhcsmay at 2010-05-21 20:10:45:
嗯，scf计算也没有走，dmol确实是可以算的，但是太慢了，所以我想到先用onetep优化一下结构，可结果就是这样，我现在的猜测也是体系不够大，onetep的优点体现不出来，但是再大的体系回头计算性质又有问题了，on ...

onetep就是一款计算原子数目大于500的大体系，我再在尝试弄
赞一下 回复此楼
9楼2012-04-25 16:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bhcsmay 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭