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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】关于晶胞中取代一个原子的优化问题
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zwhgb

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于晶胞中取代一个原子的优化问题 已有11人参与

目标晶胞：MWW  MS中有自带

想取代其中一个Si为V原子，然后优化计算取代之后的晶胞参数。 但是我再取代原子的时候一次取代12个对称重复的原子，我只是想改变一个~ 用了display中的 default in-cell original 三种模式都不行，还是改一个会一起变12个或者10个。

如果能解决这个问题了

下面问下  如何优化整个晶胞？  我看到MS里面的Dmol和Castep都可以不知道优化结构出来，会算出优化后的晶胞参数？  

MS做的分子结构导入高斯能用的gjf好像不行。。。不知道如何转化坐标？

高斯里面的#T RHF/6-31G(d) FOpt  能不能优化晶胞 ？同样高斯得出优化结果会不会有晶胞参数？

最后一个问题，88个原子的晶胞用那个软件合适，单机PC计算时间大约多少？
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1楼 2010-05-17 10:46:16
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ym23

铁杆木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢 2010-05-17 11:17:42
zwhgb(金币+2): 2010-05-18 10:39:35
替代得在超胞下才行，super cell
优化晶格参数就选optimaze cell
高斯我没用过，
最后那个问题要看你的硬件如何，不是软件的问题。
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博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
2楼2010-05-17 11:00:33
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nright

铜虫 (小有名气)
zwhgb(金币+1): 2010-05-20 17:13:10
引用回帖:
Originally posted by zwhgb at 2010-05-17 10:46:16:
目标晶胞：MWW  MS中有自带

想取代其中一个Si为V原子，然后优化计算取代之后的晶胞参数。 但是我再取代原子的时候一次取代12个对称重复的原子，我只是想改变一个~ 用了display中的 default in-cell original 三 ...

先取消对称性(make P1), 然后替换原子, 再加上对称性.
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10楼2010-05-20 11:32:34
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普通回帖

jphuang_63

至尊木虫 (正式写手)

问个好

zwhgb(金币+2): 2010-05-18 10:39:39
我在Fe超晶胞中用一个碳原子取代进行几何优化计算，在四核服务器上运算了11天才出结果，计算成本太大了！
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互助学习,共同进步!
3楼2010-05-17 12:59:58
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ramble81

木虫 (小有名气)
zwhgb(金币+1): 2010-05-18 10:39:43
88个原子，估计pc够呛哈
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4楼2010-05-18 08:52:34
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souledge

专家顾问 (著名写手)
zwhgb(金币+2):我要的配比是100：1的所以88个中取代一个是可以的，我试试castep 谢谢了 2010-05-18 15:28:09
有时候想改变一个，其实更重要的是看，自己想改变一个后的配比变为多少了。比如有个简单立方的格子，八个顶点有八个原子。现在想改变一个。也就是想要7:1的结构。但是一个格子其实只有一个原子（顶点原子被八个格子公用），那么，先要7:1，就需要八个格子做成超胞，然后替换体心的那一个，就可以达到7:1的目的了。但是这样会造成计算量特别大，有时普通PC承受不住……
周期性结构优化，传说DMol^3<高斯
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思想重于技巧，内涵重于表象
5楼2010-05-18 14:17:16
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souledge

专家顾问 (著名写手)
zwhgb(金币+1): 2010-05-19 09:00:23
个人经验，一般PC机，跑88个原子，基本会提示out of RAM……建议至少搞个工作站来跑……或者，至少内存多着点……
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思想重于技巧，内涵重于表象
6楼2010-05-18 15:30:48
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-05-18 20:37:40
替换原子也可以选中原子后，在右侧的原子属性里双击原子名称修改。
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7楼2010-05-18 17:49:11
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liang7035

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jphuang_63 at 2010-05-17 12:59:58:
我在Fe超晶胞中用一个碳原子取代进行几何优化计算，在四核服务器上运算了11天才出结果，计算成本太大了！

请问你的铁的超晶胞是多少层，有多少原子优化那么天啊，还有一个问题就金属的晶胞中的一个或几个原子被其他原子取代的时候，计算是否还要选择 optimaze cell 这项，请高手给回答一下，谢谢。。。。
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一个一心向上的人整个世界都会给他让路！
8楼2010-05-18 18:24:49
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jphuang_63

至尊木虫 (正式写手)

共同进步

我的晶胞是3X3X3,主要是算其磁性的改变和弹性常数的变化.肯定要选要选择 optimaze cell 这项.
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互助学习,共同进步!
9楼2010-05-18 22:17:35
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