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【求助】蛋白与小分子结合自由能计算的问题
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| 有没有人用fep方法计算自由能：先用ds对接软件模拟小分子配体对接到蛋白质的活性位点的结构空腔中，生成对接后的复合物pdb文件，然后我想评价一下配体对蛋白活性位点的非键形成的结合自由能，用namd中的fep方法，应该怎样定义生成和消失的原子是那些呢？ug上的没有提到算小分子对蛋白的非键结合自由能的实例，是不适合算还是用别的方法？？有哪位做过这方面的算例，请指点一二。 |
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