| 查看: 1946 | 回复: 0 | |||
[交流]
【求助】蛋白与小分子结合自由能计算的问题
|
| 有没有人用fep方法计算自由能：先用ds对接软件模拟小分子配体对接到蛋白质的活性位点的结构空腔中，生成对接后的复合物pdb文件，然后我想评价一下配体对蛋白活性位点的非键形成的结合自由能，用namd中的fep方法，应该怎样定义生成和消失的原子是那些呢？ug上的没有提到算小分子对蛋白的非键结合自由能的实例，是不适合算还是用别的方法？？有哪位做过这方面的算例，请指点一二。 |
回复此楼» 猜你喜欢
面上项目申报
已经有3人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有5人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有9人回复
-
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优
已经有5人回复
-
有70后还继续奋斗在职场上的吗？
已经有6人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有7人回复
-
退学或坚持读
已经有27人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【求助】计算机辅助药物设计
已经有9人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人