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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta3.0并行成功安装后不能并行的问题
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-07-15 19:17:37
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-14 07:42:50:



按照你的方法操作后ssh 192.168.0.2，并没有出现提示，直接出现Last login:  Jul  14 09:53:18 2008，接着并行siesta还是
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
Trying krb4 rsh...
conn ...

没有这么复杂吧，你用mpich-1.2.7应该挺好用的。
-prefix=/home/zgp/software/mpich-1.2.7 -fc=ifort -f90=ifort –f77=ifort -rsh=ssh这个是我用ifort编译mpich的时候用的参数。后面的rsh=ssh这个是不是你编译的时候没有加这个啊？
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弘德明志博学笃行
11楼2010-07-15 10:44:26
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雁儿霏霏

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-07-14 17:04:41:

那就把免密码登录的过程重复来一次。可能中间出问题了。这样生成的是节点内部并行的。不是跨节点并行的。

这是etc中host文件的内容：
127.0.0.1                localhost.localdomain localhost
192.168.0.1             node1
192.168.0.2             node2
192.168.0.3             node3


免密码登录的过程重复了一次后
ssh 192.168.0.2，并没有出现提示，直接出现Last login:  Jul  14 09:53:18 2008
但我执行
ssh 127.0.0.1
The authenticity of host '127.0.0.1 (127.0.0.1)' can't be established.
RSA key fingerprint is dd:ca:6e:f1:fe:c9:b3:22:e7:99:5f:ba:d1:99:ca:92.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added '127.0.0.1' (RSA) to the list of known hosts.
Last login: Thu Jul 15 09:26:42 2010 from node2
然后ssh 127.0.0.1
Last login: Thu Jul 15 09:36:56 2010 from localhost.localdomain

执行并行仍出现
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
Trying krb4 rsh...
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
trying normal rsh (/usr/bin/rsh)
node2: Connection refused

快崩溃了，谢谢！

[ Last edited by 雁儿霏霏 on 2010-7-15 at 14:24 ]
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12楼2010-07-15 14:14:59
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雁儿霏霏

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-07-15 10:44:26:

没有这么复杂吧，你用mpich-1.2.7应该挺好用的。
-prefix=/home/zgp/software/mpich-1.2.7 -fc=ifort -f90=ifort –f77=ifort -rsh=ssh这个是我用ifort编译mpich的时候用的参数。后面的rsh=ssh这个是不是你编译 ...

似乎没有加rsh=ssh，机房开了门我去看看，谢谢！
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13楼2010-07-15 14:24:31
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-15 07:24:31:



似乎没有加rsh=ssh，机房开了门我去看看，谢谢！

你们安装软件需要到机房去安装吗？不能远程安装啊！
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弘德明志博学笃行
14楼2010-07-15 15:47:28
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雁儿霏霏

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-07-15 15:47:28:

你们安装软件需要到机房去安装吗？不能远程安装啊！

机房没有网线，不能远程，现在我执行
/home/bin/mpiexec -np 2 ./siesta h2o.defaultcell.out
No species found!!!
ERROR STOP from Node:    0
[0] MPI Abort by user Aborting program !
[0] Aborting program!
出现下上面的提示，程序能运行，但是只用了一个核，不知道是啥原因，
用同样的命令其他程序能够双核并行。唯独siesta有这个问题。
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我美丽我漂亮我是青岛嫚！
15楼2010-07-20 17:55:09
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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lvjian8596(金币+3):感谢交流！ 2010-07-20 21:11:07
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-20 10:55:09:


机房没有网线，不能远程，现在我执行
/home/bin/mpiexec -np 2 ./siesta h2o.defaultcell.out
No species found!!!
ERROR STOP from Node:    0
[0] MPI Abort by user Abor ...

No species found这说明你没有定义元素，或者相应元素的赝势文件你没有放在计算目录里面。
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弘德明志博学笃行
16楼2010-07-20 18:06:07
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