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sikasun

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】turbomole并行的问题 已有5人参与

我刚开始接触这个软件,因为要计算的分子比较大,想用几个核同时进行一个计算。我在.bashcr文件里加了
export PARA_ARCH=MPI
export PATH=$TURBODIR/bin/i786-pc-linux-gnu_mpi:$PATH
export PARNODES=4
export TURBOTMPDIR=/scratch/bht/
source以后进行计算,总有下面的错误(没改之前用一个核算没有问题)
   MPI Application rank 1 exited before MPI_Finalize() with status 13
       forrtl:error(78):process killed(SIGTEKM)
                       。
                       。
                       。
因为我对linux系统不是很熟悉,请回帖的人尽量把步骤说的详细些,先谢谢大家了。
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sikasun

木虫 (正式写手)

咋没人搭理我呢

2楼2010-04-16 14:52:45
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sikasun

木虫 (正式写手)


aylayl08(金币+1):感谢提示 2010-04-20 17:44
heyo_123: 2010-04-26 16:58
网上有人说这个错误是内存不够,具体再改就不知道了
3楼2010-04-16 14:54:12
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sikasun

木虫 (正式写手)

哎~彻底沉了

4楼2010-04-26 14:03:27
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sikasun(金币+1):谢谢 2010-04-27 10:24
5楼2010-04-26 16:58:40
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阳光_aini

好东东转来分享一下!

sikasun(金币+1):谢谢,虽然看不明白 2010-04-27 10:24
并行软件
Paramon机群应用性能监控软件
Paramon机群应用性能监控软件,通过实时监控机群管理/登录节点、计算节点、IO节点等服务器的处理器、内存、网络和存储性能数据,提供机群系统中应用软件随时间变化的运行特征......
http://www.paratera.com/pro_show ... nel=5&classid=6


Paraview机群应用性能分析软件
Paraview可以分析Paramon生成的.para应用运行特征文件,显示应用运行时各节点中处理器、内存、网络和磁盘的性能数据,重构机群应用运行过程,高效、准确地描述应......
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来源:http://www.paratera.com
6楼2010-04-26 17:52:30
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阳光_aini

不知是否有用,试试!
7楼2010-04-26 17:53:14
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

完全不搭边的东西。
引用回帖:
Originally posted by 阳光_aini at 2010-04-26 17:53:14:
不知是否有用,试试!

8楼2010-04-26 18:53:14
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

sikasun(金币+10):谢谢,你说的我不太明白,但是我记下来了,我决定学学linux以后再来解决这个并行的问题,呵呵,先用一个核算着吧。不过很感谢大家,终于有人理我了,能我明白一点了以后再问问题吧。 2010-04-27 10:30
请先确认你已经正确安装了mpich。
然后到job.last job.1 nohup.out找一下看还有没有其他的报错信息。
引用回帖:
Originally posted by sikasun at 2010-04-16 13:13:56:
我刚开始接触这个软件,因为要计算的分子比较大,想用几个核同时进行一个计算。我在.bashcr文件里加了
export PARA_ARCH=MPI
export PATH=$TURBODIR/bin/i786-pc-linux-gnu_mpi:$PATH
export PARNODES=4
expo ...

9楼2010-04-26 18:56:49
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shalene

至尊木虫 (著名写手)

sikasun(金币+2): 2010-06-17 08:47:17
哪搞的tm?能否共享?

ps:demo版的不能并行是先天决定的
10楼2010-06-16 18:48:07
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