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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】怎么算PCR的引物退火温度啊？
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邓娟

金虫 (小有名气)

Diary
引用回帖:
Originally posted by wz-louis at 2010-04-13 07:04:34:
将左右两个引物的Tm值取个平均值，大概也就是55度左右，一般来讲，温度在上下不差5度都可以P出来！

确实，老师给的是56摄氏度。谢谢
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就这么熬着，什么时候是个头……
21楼2010-04-13 20:30:46
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邓娟

金虫 (小有名气)

Diary
引用回帖:
Originally posted by gundamba at 2010-04-13 16:23:55:
放到PRIMAER5.0里面算一下，它会给出一个最佳的退火温度，然后你再适当的降低一点那个温度就可以了，你的引物有些短，记得加上酶切位点

谢谢，我会记得
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就这么熬着，什么时候是个头……
22楼2010-04-13 20:32:37
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pidou213

木虫 (正式写手)
做梯度PCR
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见得多爱的多
23楼2010-04-13 23:49:12
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吟啸徐行

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+2):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-04-19 00:17
一般是Tm值减去5度， 但是都不准确，谁给你说个确定的温度就是忽悠你呢。你应该做个梯度PCR，通过摸索找出他的退火温度。循环数适当少一点，不要像正常的PCR一样，那样PCR量太多，即使你点少量的产物还是看不出亮度。
祝你成功！学会做梯度PCR吧，很有用。
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24楼2010-04-14 17:34:25
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邓娟

金虫 (小有名气)

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引用回帖:
Originally posted by 吟啸徐行 at 2010-04-14 17:34:25:
一般是Tm值减去5度， 但是都不准确，谁给你说个确定的温度就是忽悠你呢。你应该做个梯度PCR，通过摸索找出他的退火温度。循环数适当少一点，不要像正常的PCR一样，那样PCR量太多，即使你点少量的产物还是看不出亮 ...

好的哦，梯度PCR。
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就这么熬着，什么时候是个头……
25楼2010-04-14 19:14:19
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邓娟

金虫 (小有名气)

Diary
引用回帖:
Originally posted by 邓娟 at 2010-04-13 20:32:37:


谢谢，我会记得

可以给个PRIMAER5.0下载地址不
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就这么熬着，什么时候是个头……
26楼2010-04-18 23:15:11
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邓娟

金虫 (小有名气)

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引用回帖:
Originally posted by zhang6871 at 2010-04-13 09:53:42:
1,引物应该是成对的，
2，退火温度是可以算出来的，用Oligo软件很轻松。

额，请问可以帮忙给个链接让我下载Oligo软件不？
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就这么熬着，什么时候是个头……
27楼2010-04-18 23:24:00
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邓娟

金虫 (小有名气)

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引用回帖:
Originally posted by zhang6871 at 2010-04-13 09:53:42:
1,引物应该是成对的，
2，退火温度是可以算出来的，用Oligo软件很轻松。

我的一对引物是BAR和BAF，前者的Tm是50.92摄氏度，后者是49.66摄氏度，你可以帮我算下大概的退火温度不？谢谢
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就这么熬着，什么时候是个头……
28楼2010-04-19 19:05:41
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czhsr1123

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Tm=4(G+C)+2(A+T)    一般是低的Tm值减去5度
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29楼2010-04-19 19:23:19
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邓娟

金虫 (小有名气)

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引用回帖:
Originally posted by czhsr1123 at 2010-04-19 19:23:19:
Tm=4(G+C)+2(A+T)    一般是低的Tm值减去5度

BAR: 5'-GGCGTAACCCTCGTAGAT-3'
BAF: 5'-TGGTATGGGACGGAAAGA-3'
你给的公式里的AGCT是指引物里的各个碱基的个数吗？
这样算的是BAR:56摄氏度
               BAF：54摄氏度
是不是退火温度就为49摄氏度？
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就这么熬着，什么时候是个头……
30楼2010-04-19 20:33:36
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