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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 【原创】HRM技术应用于SNP、突变和甲基化检测
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microdiag

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【原创】HRM技术应用于SNP、突变和甲基化检测 已有14人参与

现阶段,大家检测SNP时都用一贯的检测方法,包括测序,探针还有DHPLC等等,而甲基化大多用MSP.至于HRM技术(高分辨率溶解曲线技术)并不为大家所熟知,有两个原因:1)适合做HRM技术的仪器太少了,而且在国内的普及程度不高,具我了解能够做HRM的有Roche LightCycler 480,Qiagen Roter-Gene 6000,ABI 7500 Fast和ABI7900HT Fast,Idaho LightScanncer.其中罗氏的480在其软件分析上是做的最好的.2)HRM的实验灵敏度太高,影响实验因素过多,很多人都做了,但是就是做不出来.因此就放弃,就换用其他比较成熟的方法.殊不知,HRM技术的检测方法有其他技术难以比拟的优势，不仅能实现高通量和高精度的同时,PCR和荧光定量在同一管内进行,能够有效避免假阳性.
作为新一代的遗传扫描工具,HRM具有"简,效,快,廉"等其他技术难以比拟的优势:
简:无需序列特异性探针,不受碱基位点局限,同时检出已知或未知突变、SNP和甲基化位点：闭管操作，避免交叉污染。
效：最低检测0.1%-0，01%的突变或异常甲基化，检测SNP灵敏度和特异性均为100%。
快：1次同时不多于384个样本，在60-90分钟内完成检测。
廉：简化操作步骤、降低人工和试剂成本，费用远少于测序、Taqman探针等方法。
HRM技术特别适用于样本量多、检测位点较少的SNP、突变或甲基化分析，是不同于基因芯片检测方法（检测位点多，样本少）的高通量方法。同时，也是基因芯片筛选后的多个基因在更多标本中验证的最佳方法。
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基于HRM技术的SNP、突变和甲基化检测
1楼 2010-04-06 14:54:30
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microdiag

铁虫 (初入文坛)
是的啊  需要文献吗？
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基于HRM技术的SNP、突变和甲基化检测
3楼2010-04-09 09:24:34
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zzw1221

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个是nature protocols 里面的方法吗
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2楼2010-04-06 21:18:54
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microdiag

铁虫 (初入文坛)

snp、突变和甲基化实验解决的更佳方案

HRM介绍



HRM技术是high-resolution melting analysis即高分辨熔解曲线分析技术，是近年国外兴起的一种全新的突变扫描和基因分型的遗传分析方法。基于高效稳健的PCR技术，HRM不受突变碱基位点与类型局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨熔解，即可完成对样品突变、单核苷酸多态性-SNP、甲基化、HLA配型等的分析。

HRM原理



HRM的主要原理是根据DNA序列的长度，GC含量以及碱基互补性差异，应用高分辨率的熔解曲线对样品进行分析，极高的温度均一性和温度分辨率使分辨精度达到对单个碱基差异的区分。




HRM应用


l         SNP（单核苷酸多态性）的筛查。

l         基因突变扫描，包括缺失、重复、点突变。

l         新突变的筛查。

l         甲基化的筛查。

l         遗传育种中特定突变的筛查、未知突变的发现。

l         HLA基因组配型、等位基因频率分析、物种鉴定、品种鉴定、甲基化研究。

l         法医学鉴定、亲子鉴定。

l         动植物品质相关多态性位点的研究等。植物抗逆性，突变与性状关联性研究。
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基于HRM技术的SNP、突变和甲基化检测
4楼2010-06-11 14:55:50
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microdiag

铁虫 (初入文坛)
HRM方法不是吹的，是有其独特的检测价值。Roche最先在中国力推该项技术，是一个行业内公认的技术领先者,这个技术介绍在Nature Methods，后面Naturemedicine等上面还有拓展技术。
总之，HRM技术有非常鲜明的特点，特别在SNP和甲基化检测方面。
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基于HRM技术的SNP、突变和甲基化检测
5楼2010-07-21 09:16:44
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