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boulevard

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物质谱结果好,怎么还有30-40%引物发生碱基缺失

最近在用一种新方法做pcr拼接基因,能够串联成为5个以上拷贝的基因,但是有一个问题相当恼火,那就是引物
第一次做的引物是在捷瑞,单菌落测序发现有30-40%的下游引物发生了某个“A”的缺失(上游引物无任何突变发生),导致整条DNA 链报废,然后在生工重合上下游引物(45bp),用ultrapage纯化,质谱图只有一条峰,但是做出来的结果还是像上次一样,单菌落测序发现有30-40%的下游引物发生了这同一个“A”的缺失,我靠,请帮忙分析是什么原因?
肯定不是PCR的问题,也不是割胶经紫外线照射突变的,难道是质粒复制过程中发生的?
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