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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教一下关于:比较分子模拟软件已有2人参与

比较分子模拟软件中Solids-Docking模块和Soption模块在处理小分子吸附计算方面的异同。老师要求大约2000至3000字的,不知道如何下手?各位虫友帮一下忙吧!!感谢
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ghcacj

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-29 12:54
Solids-Docking没用过,Sorption用过,软件都还没怎么用,就能说出2000字以上的异同?你们老师也太夸张了,软件的异同不是看来的,是长时间使用体会出来的。
2楼2010-03-29 10:51:45
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

请教

solids-docking似乎有一段时间没人用了
那您能帮忙介绍一下sorption在小分子吸附方面的使用吗?
3楼2010-03-29 10:58:06
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ghcacj

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-29 12:54
引用回帖:
Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-03-29 10:58:06:
solids-docking似乎有一段时间没人用了
那您能帮忙介绍一下sorption在小分子吸附方面的使用吗?

我不知道怎么介绍,优缺点是相对的,需要和别的软件进行对比。
4楼2010-03-29 11:02:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)

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lei0736(金币+1):呵呵 2010-03-29 14:26
找到二者的Manual,一一进行对比,总会找出来异同的。
5楼2010-03-29 13:01:00
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zyj8119

木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-29 14:26
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-29 13:01:00:
找到二者的Manual,一一进行对比,总会找出来异同的。

这就要比较MANUAL了,源代码应该搞不到,软件的区别无非在于代码的不同。
好好学习,天天向上。
6楼2010-03-29 13:51:14
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ghcacj

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-29 15:07
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-29 13:51:14:

这就要比较MANUAL了,源代码应该搞不到,软件的区别无非在于代码的不同。

是的,其实如果是算吸附的,那么都是GCMC算法,其实也不会差太多,关键看程序的建模能力如何?是否能建立出自己想要的模型,有了好的模型,就看软件提供的方法是否比较先进,能否和主流文献采用的方法保持一致。
7楼2010-03-29 14:40:46
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ghcacj

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lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-30 08:54
其实个人建议如果你想对A和B软件(程序)进行比对的话,就在文献中找到一个难度相对适中的例子,用两个软件来重复看看(太简单比不出软件的缺点,太难了估计自己一时难于搞定,费时间),这样就可以通过实例发现,每个软件的长处在什么地方(计算时间是否cheap,提供的方法选择余地,建模是否方便……),与每个软件的短处(是否能达到主流水平的设置)
就吸附来说,主要看,力场多不多,力场参数是否能按照自己的意愿修改(添加删除等等),小分子模型建立方便否(比如氮气分子和一氧化碳分子中很多文献采用有虚原子的模拟),是否可以优化计算时间(程序中一般都有Map之类文件加速运算,貌似软件都必须on the fly),断电后是否可以接着算…………
8楼2010-03-29 18:02:04
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

我师兄告诉我说,这两个模块的吸附部位不同。docking是在分子表面,sorption是在分子内部孔道里。其他没什么不同。让我找说明书翻译一下。
9楼2010-03-29 21:18:09
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

谢谢大家

引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-03-29 18:02:04:
其实个人建议如果你想对A和B软件(程序)进行比对的话,就在文献中找到一个难度相对适中的例子,用两个软件来重复看看(太简单比不出软件的缺点,太难了估计自己一时难于搞定,费时间),这样就可以通过实例发现, ...

看了各位建议,很受启发,先写写试试,如果有不明白的还得想各位老虫请教。
10楼2010-03-30 09:03:17
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