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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】请教一下关于：比较分子模拟软件
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教一下关于：比较分子模拟软件 已有2人参与

比较分子模拟软件中Solids-Docking模块和Soption模块在处理小分子吸附计算方面的异同。老师要求大约2000至3000字的，不知道如何下手？各位虫友帮一下忙吧！！感谢
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1楼 2010-03-29 10:11:10
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ghcacj

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阿超

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-29 12:54
Solids-Docking没用过，Sorption用过，软件都还没怎么用，就能说出2000字以上的异同？你们老师也太夸张了，软件的异同不是看来的，是长时间使用体会出来的。
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2楼2010-03-29 10:51:45
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

请教

solids-docking似乎有一段时间没人用了
那您能帮忙介绍一下sorption在小分子吸附方面的使用吗？
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3楼2010-03-29 10:58:06
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-29 12:54
引用回帖:
Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-03-29 10:58:06:
solids-docking似乎有一段时间没人用了
那您能帮忙介绍一下sorption在小分子吸附方面的使用吗？

我不知道怎么介绍，优缺点是相对的，需要和别的软件进行对比。
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4楼2010-03-29 11:02:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+1):呵呵 2010-03-29 14:26
找到二者的Manual，一一进行对比，总会找出来异同的。
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5楼2010-03-29 13:01:00
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-29 14:26
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-29 13:01:00:
找到二者的Manual，一一进行对比，总会找出来异同的。

这就要比较MANUAL了，源代码应该搞不到，软件的区别无非在于代码的不同。
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好好学习，天天向上。
6楼2010-03-29 13:51:14
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ghcacj

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阿超

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-29 15:07
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-29 13:51:14:

这就要比较MANUAL了，源代码应该搞不到，软件的区别无非在于代码的不同。

是的，其实如果是算吸附的，那么都是GCMC算法，其实也不会差太多，关键看程序的建模能力如何？是否能建立出自己想要的模型，有了好的模型，就看软件提供的方法是否比较先进，能否和主流文献采用的方法保持一致。
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7楼2010-03-29 14:40:46
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ghcacj

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阿超

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lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-30 08:54
其实个人建议如果你想对A和B软件（程序）进行比对的话，就在文献中找到一个难度相对适中的例子，用两个软件来重复看看（太简单比不出软件的缺点，太难了估计自己一时难于搞定，费时间），这样就可以通过实例发现，每个软件的长处在什么地方（计算时间是否cheap，提供的方法选择余地，建模是否方便……），与每个软件的短处（是否能达到主流水平的设置）
就吸附来说，主要看，力场多不多，力场参数是否能按照自己的意愿修改（添加删除等等），小分子模型建立方便否（比如氮气分子和一氧化碳分子中很多文献采用有虚原子的模拟），是否可以优化计算时间（程序中一般都有Map之类文件加速运算，貌似软件都必须on the fly），断电后是否可以接着算…………
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8楼2010-03-29 18:02:04
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

续

我师兄告诉我说，这两个模块的吸附部位不同。docking是在分子表面，sorption是在分子内部孔道里。其他没什么不同。让我找说明书翻译一下。
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9楼2010-03-29 21:18:09
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xiaoqian830606

金虫 (小有名气)

谢谢大家

引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-03-29 18:02:04:
其实个人建议如果你想对A和B软件（程序）进行比对的话，就在文献中找到一个难度相对适中的例子，用两个软件来重复看看（太简单比不出软件的缺点，太难了估计自己一时难于搞定，费时间），这样就可以通过实例发现， ...

看了各位建议，很受启发，先写写试试，如果有不明白的还得想各位老虫请教。
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10楼2010-03-30 09:03:17
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