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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助成功】MS建立MCM-41模型后如何快速寻找连有3个羟基的硅原子已有2人参与

我利用MS中的无定形SiO2结构创建了一个超晶胞后,在超晶胞中挖出MCM-41的孔径,并在挖出的孔表面上补齐原子(就是加入氢氧原子),但是这样会有一些硅原子上会连有三个羟基,这个与实际是不符合的,需要把这种连有3个羟基的硅原子去掉。现在的问题就是想向各位大侠求教有没有一种比较好的方法能够快速筛选出这种连有三个羟基的硅原子。

[ Last edited by shiyiwenren on 2010-9-13 at 10:50 ]
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★
qli0218(金币+2):强!谢谢! 2010-04-06 18:43
引用回帖:
Originally posted by littledwarf at 2010-04-06 09:04:50:
请问你是对哪个文件进行修改呀?是xsd文件吗?用UltraEdit打开xsd文件看了一下,内部结构还是很复杂的,AtomisticTreeRoot下面还有很多子内容,感觉修改起来难度还是很大的,呵呵。你是用什么程序来编程的,需要修 ...

可以的,你得把原来的MCM-41保存为pdb格式,然后使用vexcel分列的办法,去除一些杂乱的因素,然后就是自己写程序读入文件,随机的插入O和C,这个位置可以使用随机数发生子程序来做,只要距离与原来的在SI-O键长以内就可以了,然后就是运行程序,再把pdb文件恢复成MS格式,你看到那些原子就插入了,然后到MS里面加H就可以了,读文件的话,FORTRAN编译器,C编译器,MATLAB都可以的。。。
好好学习,天天向上。
13楼2010-04-06 18:32:47
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

怎么没有高手提出解决方法的啊,是我表述的不清楚还是悬赏的金币还太少啊?
2楼2010-03-27 15:27:15
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littledwarf

铜虫 (小有名气)

MS中哪些结构算是无定形SiO2?


shiyiwenren(金币+1): 2010-03-29 10:58
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-04 20:38
弱弱的问一下,MS自带的structure中哪些结构算是无定形SiO2?不知如下理解是否正确?
1. zeolites 该目录下的所有结构都是无定形SiO2
2. metal-oxides 该目录下的如下五种结构是晶体状的SiO2
  (a) SiO2_cristobalite_high.msi
  (b) SiO2_cristobalite_low.msi
  (c) SiO2_quartz.msi
  (d) SiO2_quartz_beta.msi
  (e) SiO2_stishovite.msi
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2010-03-26 12:45:41:
我利用MS中的无定形SiO2结构创建了一个超晶胞后,在超晶胞中挖出MCM-41的孔径,并在挖出的孔表面上补齐原子(就是加入氢氧原子),但是这样会有一些硅原子上会连有三个羟基,这个与实际是不符合的,需要把这种连有 ...

3楼2010-03-29 10:41:13
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by littledwarf at 2010-03-29 10:41:13:
弱弱的问一下,MS自带的structure中哪些结构算是无定形SiO2?不知如下理解是否正确?
1. zeolites 该目录下的所有结构都是无定形SiO2
2. metal-oxides 该目录下的如下五种结构是晶体状的SiO2
  (a) SiO2_crist ...

我使用的不是这两个目录下的SiO2结构,而是在glasses下的SiO2_21A_3d。
4楼2010-03-29 11:02:46
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