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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助成功】MS建立MCM-41模型后如何快速寻找连有3个羟基的硅原子 已有2人参与

我利用MS中的无定形SiO2结构创建了一个超晶胞后,在超晶胞中挖出MCM-41的孔径,并在挖出的孔表面上补齐原子(就是加入氢氧原子),但是这样会有一些硅原子上会连有三个羟基,这个与实际是不符合的,需要把这种连有3个羟基的硅原子去掉。现在的问题就是想向各位大侠求教有没有一种比较好的方法能够快速筛选出这种连有三个羟基的硅原子。

[ Last edited by shiyiwenren on 2010-9-13 at 10:50 ]
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littledwarf

铜虫 (小有名气)

MS中哪些结构算是无定形SiO2?

★
shiyiwenren(金币+1): 2010-03-29 10:58
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-04 20:38
弱弱的问一下,MS自带的structure中哪些结构算是无定形SiO2?不知如下理解是否正确?
1. zeolites 该目录下的所有结构都是无定形SiO2
2. metal-oxides 该目录下的如下五种结构是晶体状的SiO2
  (a) SiO2_cristobalite_high.msi
  (b) SiO2_cristobalite_low.msi
  (c) SiO2_quartz.msi
  (d) SiO2_quartz_beta.msi
  (e) SiO2_stishovite.msi
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2010-03-26 12:45:41:
我利用MS中的无定形SiO2结构创建了一个超晶胞后,在超晶胞中挖出MCM-41的孔径,并在挖出的孔表面上补齐原子(就是加入氢氧原子),但是这样会有一些硅原子上会连有三个羟基,这个与实际是不符合的,需要把这种连有 ...

3楼2010-03-29 10:41:13
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

怎么没有高手提出解决方法的啊,是我表述的不清楚还是悬赏的金币还太少啊?
2楼2010-03-27 15:27:15
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by littledwarf at 2010-03-29 10:41:13:
弱弱的问一下,MS自带的structure中哪些结构算是无定形SiO2?不知如下理解是否正确?
1. zeolites 该目录下的所有结构都是无定形SiO2
2. metal-oxides 该目录下的如下五种结构是晶体状的SiO2
  (a) SiO2_crist ...

我使用的不是这两个目录下的SiO2结构,而是在glasses下的SiO2_21A_3d。
4楼2010-03-29 11:02:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
qasd(金币+2):谢谢 2010-03-29 20:33
shiyiwenren(金币+1): 2010-03-30 10:37
xiaohunhun(金币+1):很长见识,谢谢 2010-03-30 22:56
shiyiwenren(金币+3): 2010-04-01 10:14
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2010-03-29 11:02:46:

我使用的不是这两个目录下的SiO2结构,而是在glasses下的SiO2_21A_3d。

是的,就是这个,得按照几何规则,建好超晶胞,然后根据六边形规则挖好孔,然后就是根据atom selection里面的radial distance,选择好圆心,慢慢推进,形成孔道。
好好学习,天天向上。
5楼2010-03-29 11:37:37
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