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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助成功】MS建立MCM-41模型后如何快速寻找连有3个羟基的硅原子已有2人参与

我利用MS中的无定形SiO2结构创建了一个超晶胞后,在超晶胞中挖出MCM-41的孔径,并在挖出的孔表面上补齐原子(就是加入氢氧原子),但是这样会有一些硅原子上会连有三个羟基,这个与实际是不符合的,需要把这种连有3个羟基的硅原子去掉。现在的问题就是想向各位大侠求教有没有一种比较好的方法能够快速筛选出这种连有三个羟基的硅原子。

[ Last edited by shiyiwenren on 2010-9-13 at 10:50 ]
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

怎么没有高手提出解决方法的啊,是我表述的不清楚还是悬赏的金币还太少啊?
2楼2010-03-27 15:27:15
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littledwarf

铜虫 (小有名气)

MS中哪些结构算是无定形SiO2?


shiyiwenren(金币+1): 2010-03-29 10:58
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-04 20:38
弱弱的问一下,MS自带的structure中哪些结构算是无定形SiO2?不知如下理解是否正确?
1. zeolites 该目录下的所有结构都是无定形SiO2
2. metal-oxides 该目录下的如下五种结构是晶体状的SiO2
  (a) SiO2_cristobalite_high.msi
  (b) SiO2_cristobalite_low.msi
  (c) SiO2_quartz.msi
  (d) SiO2_quartz_beta.msi
  (e) SiO2_stishovite.msi
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2010-03-26 12:45:41:
我利用MS中的无定形SiO2结构创建了一个超晶胞后,在超晶胞中挖出MCM-41的孔径,并在挖出的孔表面上补齐原子(就是加入氢氧原子),但是这样会有一些硅原子上会连有三个羟基,这个与实际是不符合的,需要把这种连有 ...

3楼2010-03-29 10:41:13
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by littledwarf at 2010-03-29 10:41:13:
弱弱的问一下,MS自带的structure中哪些结构算是无定形SiO2?不知如下理解是否正确?
1. zeolites 该目录下的所有结构都是无定形SiO2
2. metal-oxides 该目录下的如下五种结构是晶体状的SiO2
  (a) SiO2_crist ...

我使用的不是这两个目录下的SiO2结构,而是在glasses下的SiO2_21A_3d。
4楼2010-03-29 11:02:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
qasd(金币+2):谢谢 2010-03-29 20:33
shiyiwenren(金币+1): 2010-03-30 10:37
xiaohunhun(金币+1):很长见识,谢谢 2010-03-30 22:56
shiyiwenren(金币+3): 2010-04-01 10:14
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2010-03-29 11:02:46:

我使用的不是这两个目录下的SiO2结构,而是在glasses下的SiO2_21A_3d。

是的,就是这个,得按照几何规则,建好超晶胞,然后根据六边形规则挖好孔,然后就是根据atom selection里面的radial distance,选择好圆心,慢慢推进,形成孔道。
好好学习,天天向上。
5楼2010-03-29 11:37:37
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littledwarf

铜虫 (小有名气)

ms中的无定形的SiO2结构是如何拿到的?

★ ★
xiaohunhun(金币+1):xiexie 讨论 2010-03-30 22:55
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-04 20:38
谢谢二位的回答,长见识了 还想再接着问问,ms软件中的无定形的SiO2结构是如何拿到的?通过X衍射等实验手段还是某个做计算的前辈通过理论算法构建的?重新核查了一下,发现zeolites目录下也只是有部分结构是o-si-o结构的,好象以S开头的都是这类化合物的结构,想详细了解一下structure中结构的具体含意,ms的online help文档中是否有说明?search了一下没发现有,有人知道吗?
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-29 11:37:37:

是的,就是这个,得按照几何规则,建好超晶胞,然后根据六边形规则挖好孔,然后就是根据atom selection里面的radial distance,选择好圆心,慢慢推进,形成孔道。

6楼2010-03-29 14:40:06
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zyj8119

木虫 (著名写手)


xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-03-30 22:55
shiyiwenren(金币+1): 2010-04-01 10:14
引用回帖:
Originally posted by littledwarf at 2010-03-29 14:40:06:
谢谢二位的回答,长见识了 还想再接着问问,ms软件中的无定形的SiO2结构是如何拿到的?通过X衍射等实验手段还是某个做计算的前辈通过理论算法构建的?重新核查了一下,发现zeolites目录下也只是有部分结构是o-s ...

感觉其他的都是晶体类型的沸石一样的。。。
好好学习,天天向上。
7楼2010-03-30 22:20:52
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zyj8119

木虫 (著名写手)


qli0218(金币+1):谢谢 2010-04-01 20:50
shiyiwenren(金币+3): 2010-04-02 09:55
此贴已经解决,就是EDIT->下面FIND PATTERN 然后画出一个SI与三个OH的连接体,然后,在里面寻找就是了。
好好学习,天天向上。
8楼2010-04-01 16:11:04
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-04-01 16:11:04:
此贴已经解决,就是EDIT->下面FIND PATTERN 然后画出一个SI与三个OH的连接体,然后,在里面寻找就是了。

是这样的,我已经试过了,用这种方法可以找出连有3个-OH的SI,但是在寻找时有可能会给出的一种基团是一个晶胞中并不是连着3个-OH的,在将这个晶胞扩大后可以看到原来另外的一部分是刚好连在另一个重复晶胞中的,这种应该也要删去的吧
9楼2010-04-02 10:02:03
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littledwarf

铜虫 (小有名气)

请问你是怎么补充氢氧原子的呀?


gavinliu7390(金币+1):谢谢参与! 2010-04-04 15:35
只知道补齐氢原子,补齐羟基或是别的基团怎么补,有什么快捷有效的办法啊?
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2010-03-26 12:45:41:
我利用MS中的无定形SiO2结构创建了一个超晶胞后,在超晶胞中挖出MCM-41的孔径,并在挖出的孔表面上补齐原子(就是加入氢氧原子),但是这样会有一些硅原子上会连有三个羟基,这个与实际是不符合的,需要把这种连有 ...

10楼2010-04-02 16:46:39
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