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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】CoMFA叠合问题
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碧落红妆

[交流] 【讨论】CoMFA叠合问题 已有2人参与

在做CoMFA之前需要叠合分子，是否分子都需要加氢加电再来叠合呢？
另外，分子加电应该在哪一步做比较好？谢谢大家
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1楼 2010-03-23 09:59:26
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bonnyzj

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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-24 10:06
不加氢加电怎么优化分子呢？
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2楼2010-03-24 08:27:51
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-09 10:14
在第一步，局部优化时候就要加电荷，MINIMIZE里有电荷。也就意味着，叠合前就要加电荷
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3楼2010-03-25 08:59:59
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碧落红妆

谢谢各位，顺便再问下，那个region的设置有些什么技巧呢
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4楼2010-04-07 17:00:06
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tingjun

木虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-09 10:14
先优化好分子，在优化分子时要加上电荷，region的设置要看结构的相似以及骨架的公共程度
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5楼2010-04-09 10:00:46
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